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SOMNiBUS
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DOI:10.18129 / B9.bioc.SOMNiBUS
亚硫酸氢盐序列的平滑建模
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包旨在分析预定义基因组区域的基于计数的甲基化数据，例如通过靶向测序获得的数据，从而识别与表型或性状相关的差异甲基化区域(DMRs)。该方法建立了一个丰富灵活的模型，允许影响，甲基化水平，多个协变量沿着基因组区域平稳变化。同时，该方法还允许测序错误，并可以调整细胞类型混合物的可变性。
作者:赵凯琼[aut]， Kathleen Klein [cre]
维护者:Kathleen Klein < Kathleen。Klein在mail.mcgill.ca>
引文(从R内，输入引用(“SOMNiBUS”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“SOMNiBUS”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 利用SOMNiBUS分析定向亚硫酸氢盐测序数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(2年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.1.0) |
| 进口 | 图形,矩阵，mgcv统计数据,VGAM |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，covr，devtools，dplyr，knitr，魔法，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/kaiqiong/SOMNiBUS |
| BugReports | https://github.com/kaiqiong/SOMNiBUS/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | SOMNiBUS_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SOMNiBUS_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | SOMNiBUS_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | SOMNiBUS_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SOMNiBUS |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SOMNiBUS |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/SOMNiBUS/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SOMNiBUS/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
