Snprelate

doi：10.18129/b9.bioc.snprelate

SNP数据的相关性和主成分分析的并行计算工具集

生物导体版本：版本（3.15）

全基因组关联研究（GWAS）被广泛用于研究疾病和特征的遗传基础，但它们构成了许多计算挑战。我们开发了一个R软件包SNPRELATE，以使用CoreArray基因组数据结构（GDS）数据文件提供GWAS中单核苷酸多态性（SNP）数据的二进制格式。GDS格式提供了专门为有两个位的整数设计的高效操作，因为SNP只能占据两个位。SNPRELATE还旨在使用用于多核对称的多核多处理计算机体系结构的并行计算在SNP数据上加速两个关键计算：主要组件分析（PCA）和相关性分析使用逐个逐渐度量的措施。SNP GDS格式也由Gwastools软件包使用S4类和通用功能。扩展的GDS格式在SEQARRAY软件包中实现，以支持单核苷酸变化（SNV），插入/删除多态性（INDEL）和整个基因组和全型变体数据中的呼叫的存储。

作者：Xiuwen Zheng [AUT，CRE，CPH]，Stephanie Gogarten [CTB]，Cathy Laurie [CTB]，Bruce Weir [CTB，THS]

维护者：Xiuwen Zheng

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ snprelate”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Snprelate”）

html	R脚本	Snprelate教程
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.30.1
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（8年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 2.15），GDSFMT（> = 1.8.3）
进口	方法
链接	GDSFMT
建议	平行，矩阵，，，，运行，，，，尼特，，，，降价，，，，rmarkDown，，，，大量的，，，，生物基因
系统要求
增强	Seqarray（> = 1.12.0）
URL	http://github.com/zhengxwen/snprelate
BugReports	http://github.com/zhengxwen/snprelate/issues
取决于我	seqsqc
进口我	cnvranger，，，，GDSARRAY，，，，创世纪，，，，Gwasurvivr，，，，variantexperiment
建议我	Gwastools，，，，希巴格，，，，Saigegds，，，，Seqarray
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	snprelate_1.30.1.tar.gz
Windows二进制	snprelate_1.30.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	snprelate_1.30.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/snprelate
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/snprelate
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/snprelate/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档