SGSEQ.

DOI：10.18129 / b9.bioc.sgseq.

来自RNA-SEQ数据的拼接事件预测和定量

Biocometiond版本：释放（3.12）

Sgseq是一种用于分析来自RNA-SEQ数据的拼接事件的软件包。输入数据是RNA-SEQ以BAM格式映射到参考基因组的RNA-SEQ读取。基因表示为剪接图，其可以从现有的注释中获得或从映射序列读取的预测。从图形中识别剪接事件，并在每个拼接变体的开始或结尾处使用结构兼容的读取在本地定向。该软件包括用于拼接事件预测，量化，可视化和解释的功能。

作者：Leonard Goldstein [Cre，Aut]

维护者：Leonard Goldstein

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“sgseq”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“SGSEQ”）

HTML.	r script.	SGSEQ.
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细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.24.0
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（6.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 4.0），绞喉（> = 2.13.15），Genomicranges.（> = 1.31.10），RSAMTOOLS.（> = 1.31.2），概括分析， 方法
进口	annotationdbi.那生物根系（> = 0.31.5），生物仪器（> = 2.47.6），基因管理（> = 1.15.7），基因组法（> = 1.31.5），genomeinfodb.那运行那S4Vectors.（> = 0.23.19），GRDEVICE，图形，iGraph.， 平行，rtracklayer.（> = 1.39.7），统计
链接到
建议	生物焦那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
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取决于我	eventPointer.
进口我	Rhisat2.
建议我
链接给我
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	sgseq_1.24.0.tar.gz.
Windows二进制文件	sgseq_1.24.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	sgseq_1.24.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/sgseq.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocumon.org：包/ sgseq
包短网址	https://biocumon.org/packages/sgseq/
包裹下载报告	下载统计信息