范围

doi：10.18129/b9.bioc.scope

单细胞DNA测序的归一化和拷贝数估计方法

生物导体版本：版本（3.15）

整个基因组单细胞DNA测序（SCDNA-SEQ）可以在细胞水平上表征拷贝数曲线。这规定了与散装组织测序相关的平均效应，并增加了分辨率，但降低了反vlonvolvol的癌症亚克隆和阐明癌症进化史的歧义。然而，由于在库制备和测序程序中引入的偏见和伪影，SCDNA-SEQ数据即使在均匀的细胞种群中也是稀疏，嘈杂和高度可变的。在这里，我们提出了SCDNA-Seq数据的范围和副本编号估计方法。范围的区别特征包括：（i）利用细胞特异性的GINI系数用于质量控制和鉴定正常/二倍体细胞，这些细胞在泊松潜伏因子模型中进一步用作归一化的阴性对照样品；（ii）使用嵌入Poisson广义线性模型中的期望最大化算法对GC含量偏置进行建模，该算法沿基因组沿着不同的拷贝数状态说明；（iii）一个跨样本迭代分割程序，以识别来自相同遗传背景的细胞之间共享的断点。

作者：Rujin Wang，Danyu Lin，Yuchao Jiang

维护者：rujin wang

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html	R脚本	范围：单细胞副本编号估计
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版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.6.0），基因组机，，，，iranges，，，，rsamtools，，，，GenomeInfodB，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
进口	统计，grdevices，图形，utils，desctools，，，，rcolorbrewer，，，，GPLOTS，，，，foreach， 平行，多帕尔，，，，DNACOPIGY，，，，BSGENOME，，，，生物弦，，，，生物基因，，，，S4VECTORS
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，WGSMAPP，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，测试（> = 2.1.0）
系统要求
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源包	scope_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	scope_1.8.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	scope_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scope
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/范围
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scope/
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