S4Vectors

DOI:10.18129 / B9.bioc.S4Vectors

Bioconductor中vector类和list类容器的基础

Bioconductor版本:发行版(3.15)

S4Vectors包定义了Vector和List虚拟类以及一组泛型函数，这些函数扩展了r中普通Vector和List的语义。包开发人员可以轻松地将类Vector或类列表对象实现为Vector或List的具体子类。bob电竞体育官网此外，在S4Vectors包本身中实现了一些普遍感兴趣的底层具体子类(例如DataFrame、Rle和Hits)(更多的子类在IRanges包和其他Bioconductor基础设施包中实现)。

作者:H. Pagès, M.劳伦斯和P.阿卜扬

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("S4Vectors")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“S4Vectors”)

PDF	R脚本	快速浏览一下S4的班级系统
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PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	0.34.0
在Bioconductor公司	bio 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，utils, stats, stats4，BiocGenerics(> = 0.37.0)
进口
链接
建议	IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，矩阵，DelayedArray，ShortRead，图，data.table，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/S4Vectors
BugReports	https://github.com/Bioconductor/S4Vectors/issues
全靠我	altcdfenvs，AnnotationHubData，ATACseqQC，bambu，bandle，Biostrings，BiSeq，BRGenomics，BSgenome，bumphunter，红衣主教，CellMapper，CexoR，chimeraviz，ChIPComp，ChIPpeakAnno，chipseq，ChIPseqR，ClassifyR，cliProfiler，食典委，CompoundDb，coseq，CSAR，CSSQ，DelayedArray，DelayedDataFrame，DESeq2，DEXSeq，DirichletMultinomial，DMCFB，DMCHMM，DMRcaller，epigenomix，epihet，ExperimentHubData，ExpressionAtlas，fCCAC，GA4GHclient，generegulation，GenoGAM，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomicScores，GenomicTuples，GeomxTools，girafe，groHMM，Gviz，HelloRanges，InTAD，感兴趣，IRanges，LinTInd，LoomExperiment，m6Aboost，MetNet，MotifDb，MSnbase，MuData，NADfinder，NanoStringNCTools，NBAMSeq，食人魔，OTUbase，莲花，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.ath1.121501，pd.barley1，pd.bovgene.1.0.st，pd.bovgene.1.1.st，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.cangene.1.0.st，pd.cangene.1.1.st，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.chicken，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.1.st，pd.chogene.2.0.st，pd.chogene.2.1.st，pd.citrus，pd.clariom.d.human，pd.clariom.s.human，pd.clariom.s.human.ht，pd.clariom.s.mouse，pd.clariom.s.mouse.ht，pd.clariom.s.rat，pd.clariom.s.rat.ht，pd.cotton，pd.cyngene.1.0.st，pd.cyngene.1.1.st，pd.cyrgene.1.0.st，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drogene.1.0.st，pd.drogene.1.1.st，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.1.st，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st，pd.felgene.1.0.st，pd.felgene.1.1.st，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.1.st，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.1.st，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.hg18.60mer.expr，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hta.2.0，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.margene.1.0.st，pd.margene.1.1.st，pd.medgene.1.0.st，pd.medgene.1.1.st，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.mirna.2.0，pd.mirna.3.0，pd.mirna.4.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st，pd.mogene.2.1.st，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mta.1.0，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.nugo.hs1a520180，pd.nugo.mm1a520177，pd.ovigene.1.0.st，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.porgene.1.0.st，pd.porgene.1.1.st，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.1.st，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.ragene.2.0.st，pd.ragene.2.1.st，pd.rat230.2，pd.rcngene.1.0.st，pd.rcngene.1.1.st，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.1.st，pd.rhesus，pd.rice，pd.rjpgene.1.0.st，pd.rjpgene.1.1.st，pd.rn.u34，pd.rta.1.0，pd.rusgene.1.0.st，pd.rusgene.1.1.st，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.soygene.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.1.st，pd.zebrafish，plethy，PSMatch，Rcwl，RegEnrich，RepViz，RNAmodR，RnBeads，scATAC。资源管理器，scDataviz，segmentSeq，SeqGate，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，光谱，SQLDataFrame，Structstrings，SummarizedBenchmark，TimeSeriesExperiment，topdownr，TreeSummarizedExperiment，一绺头发，三层，updateObject，VariantExperiment，VariantTools，火神，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XVector
进口我	ADImpute，affycoretools，aggregateBioVar，airpart，ALDEx2，AllelicImbalance，高山，amplican，AneuFinder，微生物，AnnotationDbi，AnnotationForge，AnnotationHub，annotatr，appreci8R，ASpediaFI，ASpli，ASURAT，atena，自治，BadRegionFinder，舞会礼服，barcodetrackR，基础知识，BasicSTARRseq，后面;，BayesSpace，BindingSiteFinder，BiocIO，BiocNeighbors，BiocOncoTK，BiocSet，BiocSingular，biotmle，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，BitSeq，咆哮，bnbc，BPRMeth，BrainSABER，分歧点，breakpointR，BSgenome，bsseq，BumpyMatrix，BUSpaRse，BUSseq，CAGEfightR，篮球选手，卡斯珀，催化剂，cBioPortalData，ccfindR，celaref，celda，CellaRepertorium，CellBarcode，celldex，censcyt，Cepo，CeTF，印度豹，别致的，ChIPanalyser，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPQC，ChIPseeker，chipseqDBData，ChromSCape，chromstaR，chromswitch，chromVAR，西塞罗，CINdex，circRNAprofiler，CiteFuse，cleanUpdTSeq，切肉刀，CluMSID，clusterExperiment，clustifyr，cn.mops，cn，CNVMetrics，CNVPanelizer，CNVRanger，可可，CoGAPS，我思，comapr，彗星，compEpiTools，consensusDE，consensusSeekeR，contiBAIT，copynumber，文案，CoreGx，CoverageView，crisprBase，CRISPRseek，CrispRVariants，csaw，CTDquerier，腰带，curatedMetagenomicData，curatedTCGAData，customProDB，cydar，cytoKernel，cytomapper，DAMEfinder，dasper，debrowser，解读，decompTumor2Sig，deconvR，反编排，DegNorm，DEGreport，DelayedMatrixStats，derfinder，derfinderHelper，derfinderPlot，DEScan2，DEWSeq，DiffBind，diffcyt，diffHic，diffloop，diffUTR，恐龙，DiscoRhythm，dittoSeq，DMRcate，dmrseq，定量给料器，DRIMSeq，DropletTestFiles，DropletUtils，drugTargetInteractions，dStruct，easyRNASeq，eegc，eisaR，埃尔默，enhancerHomologSearch，ENmix，EnrichmentBrowser，enrichTF，ensembldb，ensemblVEP，EpiCompare，epigraHMM，epimutacions，epistack，EpiTxDb，epivizr，epivizrData，epivizrStandalone，erma，esATAC，EventPointer，exomePeak2，ExperimentHub，ExperimentSubset，ExploreModelMatrix，extraChIPs，FastqCleaner，fastseg，FilterFFPE，FindIT2，鱼池，fitCons.UCSC.hg19，火焰，flowCore，FlowSorted.Blood.EPIC，flowWorkspace，弗雷泽，GA4GHshiny，gcapc，GDSArray，genbankr，GeneRegionScan，《创世纪》，GeneStructureTools，GeneTonic，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicFiles，GenomicInteractionNodes，GenomicInteractions，GenomicOZone，GenomicSuperSignature，GeoMxWorkflows，ggbio，Glimma，gmapR，gmoviz，还装有，哥特，GRaNIE，GRmetrics，GSEABenchmarkeR，GSVA，GUIDEseq，gwascat，h5vc，HDF5Array，爱马仕，HiCBricks，HiCcompare，HiCDCPlus，HighlyReplicatedRNASeq，希尔达，hipathia，hmdbQuery，HMP16SData，HMP2Data，HTSeqGenie，HumanTranscriptomeCompendium，icetea，理想的，ILoReg，ima，imcdatasets，imcRtools，InPAS，检查，InteractionSet，InteractiveComplexHeatmap，InterMineR，iSEE，iSEEu，isomiRs，iva，ivygapSE，IWTomics，karyoploteR，烤肉串，leeBamViews，lionessR，lipidr，lisaClust，loci2path，萝拉，MACPET，MACSr，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38，梅，马尔，桅杆，MatrixQCvis，mbkmeans，mCSEA，餐，meshr，MesKit，metabCombiner，MetaboAnnotation，MetaGxPancreas，metaseqR2，MetCirc，MethCP，methInheritSim，MethReg，methylCC，methylInheritance，methylKit，methylPipe，MethylSeqData，methylSig，methylumi，米娅，miaSim，miaViz，microbiomeMarker，midasHLA，miloR，mimager，minfi，MinimumDistance，米拉，海市蜃楼，missMethyl，missRows，mitoClone2，MMAPPR2，MMDiff2，moanin，Modstrings，蒙娜丽莎，马赛克，MOSim，Motif2Site，motifbreakR，motifmatchr，MouseGastrulationData，MouseThymusAgeing，mpra，msa，MsBackendMassbank，MsBackendMgf，MsBackendMsp，MsBackendRawFileReader，MsCoreUtils，msgbsR，MSPrep，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，mumosa，马斯喀特，musicatk，MutationalPatterns，mygene，myvariant，NanoMethViz，ncRNAtools，nearBynding，netDx，NoRCE，nucleoSim，诊断，nullranges，NxtIRFcore，奥得河，oligoClasses，omicsViewer，ontoProc，openPrimeR，ORFik，Organism.dplyr，OrganismDbi，先驱者，packFinder，PAIRADISE，panelcn.mops，过去的，pcaExplorer，pd.atdschip.tiling，PDATK，pdInfoBuilder，periodicDNA，PharmacoGx，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，phemd，PhIPData，PhosR，平，pipeComp，plyranges，pmp，pogo，聚酯，pqsfinder，婴儿车，prebs，preciseTAD，PrecisionTrialDrawer，primirTSS，高伦雅芙，procoil，proDA，profileplyr，ProteoDisco，pulsedSilac，PureCN，PWMEnrich，qcmetrics，QFeatures，qpgraph，QuasR，R3CPET，R453Plus1Toolbox，RadioGx，RaggedExperiment，ramr，RareVariantVis，Rcade，美国广播公司，RcisTarget，RcwlPipelines，重新计票，recount3，recountmethylation，收回，地区，regionReport，regsplice，regutools，REMP，Repitools，ResidualMatrix，restfulSE，rexposome，rfaRm，RGMQL，rhdf5client，RiboDiPA，RiboProfiling，ribor，ribosomeProfilingQC，rifi，RJMCMCNucleosomes，RMassBank，Rmmquant，rnaEditr，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq，咆哮，rprimer，Rqc，Rsamtools，rScudo，RTCGAToolbox，研制，rtracklayer，SC3，ScaledMatrix，scanMiR，scanMiRApp，SCArray，嘘，scClassify，scDblFinder，scDD，scds，散粒，scmap，scMerge，SCnorm，范围，scp，scpdata，scPipe，食物，scRNAseq，颈背，scTensor，scTGIF，scTreeViz，天窗，sechm，裂殖体，SeqArray，seqCAT，seqsetvis，SeqSQC，SeqVarTools，芝麻，sesameData，SEtools，sevenbridges，sevenC，SGSeq，ShortRead，SimBenchData，SingleCellExperiment，SingleCellMultiModal，singleCellTK，单，singscore，sitadela，skewr，弹弓，击杀，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38，soGGi，SomaticCancerAlterations，SomaticSignatures，猎犬，spatialDE，SpatialExperiment，spatialHeatmap，spatialLIBD，spatzie，spicyR，有尖刺的，飞溅，SplicingGraphs，分裂，sRACIPE，srnadiff，斯坦，standR，strandCheckR，结构体，StructuralVariantAnnotation，SummarizedExperiment，svaNUMT，svaRetro，SynExtend，systemPipeR，TAPseq，TarSeqQC，TBSignatureProfiler，TCGAbiolinks，TCGAutils，terraTCGAdata，TFBSTools，TFHAZ，tidySingleCellExperiment，tidySummarizedExperiment，TileDBArray，三硝基甲苯，ToxicoGx，trackViewer，tradeSeq，TrajectoryUtils，transcriptR，TransView，时尚的，三轮车，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，TSCAN，tscR，TSRchitect，肺结核，TVTB，twoddpcr，txcutr，tximeta，Ularcirc，UMI4Cats，uncoverappLib，universalmotif，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantFiltering，VaSP，VCFArray，伶盗龙，VplotR，wavClusteR，weitrix，wiggleplotr，XCIR，xcms，xcore，XNAString，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，XVector，山药，zellkonverter
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构建报告

包档案

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源包	S4Vectors_0.34.0.tar.gz
Windows二进制	S4Vectors_0.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	S4Vectors_0.34.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/S4Vectors
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/S4Vectors
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/S4Vectors/
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