rsubread
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doi：10.18129/b9.bioc.rsubread
测序数据的映射，量化和变体分析
生物导体版本：版本（3.13）
RNA测序数据（包括大量RNA-SEQ和SCRNA-SEQ）和DNA序列数据（包括ATAC-SEQ，CHIP-SEQ，WGS，WES等）的对齐，定量和分析。包括用于读取映射，读取计数，SNP调用，结构变异检测和基因融合发现的功能。可以应用于所有主要的测序技术，以及短顺序读取。
作者：Wei Shi，Yang Liao和Gordon K Smyth，珍妮Dai的贡献
维护者：wei shi
引用（从r内，输入引用（“ rsubread”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rsubread”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ rsubread”）
| R脚本 | rsubread vignette | |
| subreaduserguide.pdf | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 2.6.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.8（R-2.13）（10年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 要看 | |
| 进口 | grdevices，统计，utils，矩阵 |
| 链接 | |
| 建议 | |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rsubread |
| 取决于我 | DEBLUSTER，，，，samexplorer |
| 进口我 | apalyzer，，，，diffutr，，，，杜普拉达尔，，，，弗雷泽，，，，RibosomeProfilingQC，，，，颈背 |
| 建议我 | 自治，，，，冰茶，，，，scpipe，，，，Singlecelltk，，，，tidybulk |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rsubread_2.6.1.tar.gz |
| Windows二进制 | rsubread_2.6.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | rsubread_2.6.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rsubread |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rsubread |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rsubread/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.13的旧源软件包 | 来源存档 |
