rsamtools

doi：10.18129/b9.bioc.rsamtools

二进制对齐（BAM），FASTA，变体调用（BCF）和Tabix文件导入

生物导体版本：版本（3.15）

该软件包提供了用于操纵SAM（序列对齐 / MAP），FASTA，二进制变体呼叫（BCF）和压缩索引索引索引Tab-Delimimited（TABIX）文件的“ Samtools”，“ BCFTools”和“ Tabix”实用程序的接口。

作者：Martin Morgan，HervéPagès，Valerie Obenchain，Nathaniel Hayden

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ rsamtools”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ RSAMTOOLS”）

PDF	R脚本	RSAMTOOLS介绍
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照
视频		在rsamtools中堆积

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	2.12.0
在生物导体中	Bioc 2.6（R-2.11）（12年）
执照	Artistic-2.0 |文件执照
要看	方法，GenomeInfodB（> = 1.1.3），基因组机（> = 1.31.8），生物弦（> = 2.47.6），R（> = 3.5.0）
进口	utils，生物基因（> = 0.25.1），S4VECTORS（> = 0.17.25），iranges（> = 2.13.12），xvector（> = 0.19.7），Zlibbioc，，，，比特，，，，生物比较，统计
链接	Rhtslib（> = 1.17.7），S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector，，，，生物弦
建议	基因组签名，，，，Shortread（> = 1.19.10），GenomicFeatures，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，运行，，，，生物使用
系统要求	gnu做
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rsamtools
BugReports	https://github.com/bioconductor/rsamtools/issues
取决于我	arrayexpresshts，，，，Baalchip，，，，bitseq，，，，法典，，，，contibait，，，，CoverageView，，，，esatac，，，，外观复制，，，，弗雷泽，，，，基因组签名，，，，Genomicfiles，，，，girafe，，，，GMAPR，，，，Helloranges，，，，兴趣，，，，Leebamviews，，，，Medips，，，，甲基管，，，，mmdiff2，，，，podkat，，，，R3CSEQ，，，，rcade，，，，repviz，，，，Reqon，，，，rfpred，，，，Ribodipa，，，，范围，，，，测序，，，，sgseq，，，，Shortread，，，，Sictools，，，，Snphood，，，，尖刺，，，，SSVIZ，，，，Systempiper，，，，tarseqqc，，，，TBX20BAMSUBSET，，，，teqc，，，，变体，，，，Wavcluster
进口我	等位基因平衡，，，，高山，，，，Aneufinder，，，，Annmap，，，，AnnotationHubdata，，，，apalyzer，，，，感谢，，，，arrayexpresshts，，，，Aspediafi，，，，阿斯普利，，，，atacseqqc，，，，Atena，，，，不良区域，，，，小班夫，，，，BBCANALYZER，，，，Biovizbase，，，，饼干，，，，Breakpointr，，，，Brgenomics，，，，BSGENOME，，，，卡格，，，，卡斯珀，，，，蜂窝监测器，，，，cexor，，，，cfdnapro，，，，时尚，，，，Chimeraviz，，，，芯片，，，，chipexoqual，，，，Chippeakanno，，，，chipqc，，，，chipseqdbdata，，，，染色体，，，，Chromstar，，，，Chromvar，，，，CN. -ops，，，，cnvfilter，，，，cnvpanelizer，，，，CNVRD2，，，，Compepitools，，，，共识，，，，库务，，，，copywriter，，，，crisprvariants，，，，CSAW，，，，CSSQ，，，，CustomProdb，，，，damefinder，，，，degnorm，，，，德芬德，，，，dexseq，，，，差异，，，，Diffhic，，，，EasyRnaseq，，，，EDASEQ，，，，Ensembldb，，，，Epgenomix，，，，Epigrahmm，，，，Eudysbiome，，，，Exomepeak2，，，，伸出，，，，Filterffpe，，，，火焰，，，，Funchip，，，，GCAPC，，，，Genegeneinter，，，，Genogam，，，，基因组化，，，，基因组签名，，，，基因组间，，，，Genvisr，，，，GGBIO，，，，Gmoviz，，，，哥特，，，，Greylistchip，，，，Guideseq，，，，GVIZ，，，，H5VC，，，，htseqgenie，，，，冰茶，，，，IMAS，，，，检查，，，，核粒子，，，，ldblock，，，，肺部，，，，Macpet，，，，Madseq，，，，MDTS，，，，metagene，，，，metagene2，，，，metaseqr2，，，，甲基库，，，，mmappr2，，，，mmappr2data，，，，马赛克，，，，MotifMatchr，，，，MSGBSR，，，，NADFINDER，，，，纳米塞维兹，，，，附近，，，，核，，，，ORFIK，，，，panelcn.mops，，，，图片，，，，plyranges，，，，婴儿车，，，，profileplyr，，，，属属，，，，QDNASEQ，，，，QSEA，，，，准，，，，R453plus1toolbox，，，，拉姆瓦斯，，，，rbowtie2，，，，补偿，，，，repitools，，，，肋骨蛋白，，，，riboseqr，，，，RibosomeProfilingQC，，，，rnamodr，，，，rnaseqr，，，，RQC，，，，rtracklayer，，，，scdblfinder，，，，颈背，，，，片段，，，，seqsetvis，，，，simffpe，，，，单身的，，，，Sitadela，，，，soggi，，，，剪接图，，，，Srnadiff，，，，Strandcheckr，，，，TCSEQ，，，，tfutils，，，，TrackTables，，，，TrackViewer，，，，transcriptr，，，，Tress，，，，Trnascanimport，，，，tsrchitect，，，，TVTB，，，，umi4cats，，，，发现，，，，变体滤波器，，，，变体工具，，，，vasp，，，，vcfarray，，，，vplotr
建议我	AnnotationHub，，，，bamsignals，，，，BASESPACER，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，Biomvrcns，，，，芝加哥，，，，chipseqdb，，，，epivizrchart，，，，量规，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicDataCommons，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，geuvadistranscriptexpr，，，，Gwascat，，，，iranges，，，，mungesumstats，，，，纳米果仁糖，，，，OMICSPRINT，，，，甲状旁腺，，，，rnamodr.ml，，，，Seqarray，，，，seqbias，，，，sigfuge，，，，相似，，，，流媒体，，，，SystemPiperData
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rsamtools_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	rsamtools_2.12.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	rsamtools_2.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rsamtools
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rsamtools
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rsamtools/
软件包下载报告	下载统计