rsamtools

doi:10.18129/b9.bioc.rsamtools

二进制对齐(BAM),FASTA,变体调用(BCF)和Tabix文件导入

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包提供了用于操纵SAM(序列对齐 / MAP),FASTA,二进制变体呼叫(BCF)和压缩索引索引索引Tab-Delimimited(TABIX)文件的“ Samtools”,“ BCFTools”和“ Tabix”实用程序的接口。

作者:Martin Morgan,HervéPagès,Valerie Obenchain,Nathaniel Hayden

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“ rsamtools”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ rsamtools”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ RSAMTOOLS”)

PDF R脚本 RSAMTOOLS介绍
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照
视频 在rsamtools中堆积

细节

生物浏览 bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载
版本 2.12.0
在生物导体中 Bioc 2.6(R-2.11)(12年)
执照 Artistic-2.0 |文件执照
要看 方法,GenomeInfodB(> = 1.1.3),基因组机(> = 1.31.8),生物弦(> = 2.47.6),R(> = 3.5.0)
进口 utils,生物基因(> = 0.25.1),S4VECTORS(> = 0.17.25),iranges(> = 2.13.12),xvector(> = 0.19.7),Zlibbioc,,,,比特,,,,生物比较,统计
链接 Rhtslib(> = 1.17.7),S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector,,,,生物弦
建议 基因组签名,,,,Shortread(> = 1.19.10),GenomicFeatures,,,,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown,,,,rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,运行,,,,生物使用
系统要求 gnu做
增强
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rsamtools
BugReports https://github.com/bioconductor/rsamtools/issues
取决于我 arrayexpresshts,,,,Baalchip,,,,bitseq,,,,法典,,,,contibait,,,,CoverageView,,,,esatac,,,,外观复制,,,,弗雷泽,,,,基因组签名,,,,Genomicfiles,,,,girafe,,,,GMAPR,,,,Helloranges,,,,兴趣,,,,Leebamviews,,,,Medips,,,,甲基管,,,,mmdiff2,,,,podkat,,,,R3CSEQ,,,,rcade,,,,repviz,,,,Reqon,,,,rfpred,,,,Ribodipa,,,,范围,,,,测序,,,,sgseq,,,,Shortread,,,,Sictools,,,,Snphood,,,,尖刺,,,,SSVIZ,,,,Systempiper,,,,tarseqqc,,,,TBX20BAMSUBSET,,,,teqc,,,,变体,,,,Wavcluster
进口我 等位基因平衡,,,,高山,,,,Aneufinder,,,,Annmap,,,,AnnotationHubdata,,,,apalyzer,,,,感谢,,,,arrayexpresshts,,,,Aspediafi,,,,阿斯普利,,,,atacseqqc,,,,Atena,,,,不良区域,,,,小班夫,,,,BBCANALYZER,,,,Biovizbase,,,,饼干,,,,Breakpointr,,,,Brgenomics,,,,BSGENOME,,,,卡格,,,,卡斯珀,,,,蜂窝监测器,,,,cexor,,,,cfdnapro,,,,时尚,,,,Chimeraviz,,,,芯片,,,,chipexoqual,,,,Chippeakanno,,,,chipqc,,,,chipseqdbdata,,,,染色体,,,,Chromstar,,,,Chromvar,,,,CN. -ops,,,,cnvfilter,,,,cnvpanelizer,,,,CNVRD2,,,,Compepitools,,,,共识,,,,库务,,,,copywriter,,,,crisprvariants,,,,CSAW,,,,CSSQ,,,,CustomProdb,,,,damefinder,,,,degnorm,,,,德芬德,,,,dexseq,,,,差异,,,,Diffhic,,,,EasyRnaseq,,,,EDASEQ,,,,Ensembldb,,,,Epgenomix,,,,Epigrahmm,,,,Eudysbiome,,,,Exomepeak2,,,,伸出,,,,Filterffpe,,,,火焰,,,,Funchip,,,,GCAPC,,,,Genegeneinter,,,,Genogam,,,,基因组化,,,,基因组签名,,,,基因组间,,,,Genvisr,,,,GGBIO,,,,Gmoviz,,,,哥特,,,,Greylistchip,,,,Guideseq,,,,GVIZ,,,,H5VC,,,,htseqgenie,,,,冰茶,,,,IMAS,,,,检查,,,,核粒子,,,,ldblock,,,,肺部,,,,Macpet,,,,Madseq,,,,MDTS,,,,metagene,,,,metagene2,,,,metaseqr2,,,,甲基库,,,,mmappr2,,,,mmappr2data,,,,马赛克,,,,MotifMatchr,,,,MSGBSR,,,,NADFINDER,,,,纳米塞维兹,,,,附近,,,,,,,,ORFIK,,,,panelcn.mops,,,,图片,,,,plyranges,,,,婴儿车,,,,profileplyr,,,,属属,,,,QDNASEQ,,,,QSEA,,,,,,,,R453plus1toolbox,,,,拉姆瓦斯,,,,rbowtie2,,,,补偿,,,,repitools,,,,肋骨蛋白,,,,riboseqr,,,,RibosomeProfilingQC,,,,rnamodr,,,,rnaseqr,,,,RQC,,,,rtracklayer,,,,scdblfinder,,,,颈背,,,,片段,,,,seqsetvis,,,,simffpe,,,,单身的,,,,Sitadela,,,,soggi,,,,剪接图,,,,Srnadiff,,,,Strandcheckr,,,,TCSEQ,,,,tfutils,,,,TrackTables,,,,TrackViewer,,,,transcriptr,,,,Tress,,,,Trnascanimport,,,,tsrchitect,,,,TVTB,,,,umi4cats,,,,发现,,,,变体滤波器,,,,变体工具,,,,vasp,,,,vcfarray,,,,vplotr
建议我 AnnotationHub,,,,bamsignals,,,,BASESPACER,,,,生物基因,,,,生物比较,,,,Biomvrcns,,,,芝加哥,,,,chipseqdb,,,,epivizrchart,,,,量规,,,,GenomeInfodB,,,,GenomicDataCommons,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,geuvadistranscriptexpr,,,,Gwascat,,,,iranges,,,,mungesumstats,,,,纳米果仁糖,,,,OMICSPRINT,,,,甲状旁腺,,,,rnamodr.ml,,,,Seqarray,,,,seqbias,,,,sigfuge,,,,相似,,,,流媒体,,,,SystemPiperData
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rsamtools_2.12.0.tar.gz
Windows二进制 rsamtools_2.12.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) rsamtools_2.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rsamtools
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rsamtools
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rsamtools/
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