Rmmquant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rmmquant

RNA-Seq多重映射Reads量化工具

Bioconductor版本:发行版(3.13)

RNA-Seq目前被常规使用，它提供了基因转录的准确信息。但是，该方法不能准确地估计重复基因的表达。以前已经使用了几种策略，但它们都提供了有偏差的结果。使用Rmmquant，如果一个read映射在不同的位置，该工具检测到对应的基因是重复的;它将基因合并并创造一个合并的基因。然后，根据输入基因和合并的基因来计算歧义读取数。Rmmquant是广泛使用的工具finoverllaps和featurerts的直接替代品，它们以不受影响的方式处理多映射读取。

作者:Zytnicki Matthias [aut, cre]

维护者:Zytnicki Matthias < Matthias。Zytnicki在inra.fr>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Rmmquant")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rmmquant”)

超文本标记语言	R脚本	Rmmquant包
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	Rcpp(>= 0.12.8)，方法S4Vectors，GenomicRanges，SummarizedExperiment，devtools，TBX20BamSubset，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，org.Mm.eg.db，DESeq2，BiocStyle
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements	c++ 11
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rmmquant_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	Rmmquant_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	Rmmquant_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rmmquant
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rmmquant
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rmmquant/
软件包下载报告	下载数据