Rmmquant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rmmquant

RNA-Seq多重映射Reads量化工具

Bioconductor版本:发行版(3.13)

RNA-Seq目前被常规使用,它提供了基因转录的准确信息。但是,该方法不能准确地估计重复基因的表达。以前已经使用了几种策略,但它们都提供了有偏差的结果。使用Rmmquant,如果一个read映射在不同的位置,该工具检测到对应的基因是重复的;它将基因合并并创造一个合并的基因。然后,根据输入基因和合并的基因来计算歧义读取数。Rmmquant是广泛使用的工具finoverllaps和featurerts的直接替代品,它们以不受影响的方式处理多映射读取。

作者:Zytnicki Matthias [aut, cre]

维护者:Zytnicki Matthias < Matthias。Zytnicki在inra.fr>

引文(从R内,输入引用(“Rmmquant”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Rmmquant")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“Rmmquant”)

超文本标记语言 R脚本 Rmmquant包
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细节

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版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6)
进口 Rcpp(>= 0.12.8),方法S4VectorsGenomicRangesSummarizedExperimentdevtoolsTBX20BamSubsetTxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGeneorg.Mm.eg.dbDESeq2BiocStyle
链接 Rcpp
建议 knitrrmarkdowntestthat
SystemRequirements c++ 11
增强了
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构建报告

包档案

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源包 Rmmquant_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 Rmmquant_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) Rmmquant_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rmmquant
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rmmquant
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Rmmquant/
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