Rhtslib

doi:10.18129/b9.bioc.rhtslib

HTSLIB高通量测序库作为R包

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包提供了“ HTSLIB” C库的1.7版,用于高通量序列分析。该软件包主要对希望使用HTSLIB的其他R软件包的开发人员有用。bob电竞体育官网使用此软件包的动机和说明在Vignette,Vignette(软件包=“ Rhtslib”,“ Rhtslib”)中。

作者:纳撒尼尔·海登(Nathaniel Hayden

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“ Rhtslib”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ rhtslib”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Rhtslib”)

html R脚本 Rhtslib的动机和使用
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.28.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(7年)
执照 LGPL(> = 2)
要看
进口 Zlibbioc
链接 Zlibbioc
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,生物使用
系统要求 libbz2&liblzma&libcurl(带有标题文件),GNU制作
增强
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rhtslibhttp://www.htslib.org/
BugReports https://github.com/bioconductor/rhtslib/issues
取决于我
进口我 Deepsnv,,,,Diffhic,,,,maftools,,,,线粒体2,,,,scpipe
建议我
链接到我 arrayexpresshts,,,,bamsignals,,,,bitseq,,,,CSAW,,,,Deepsnv,,,,差异,,,,Diffhic,,,,Epialleler,,,,火焰,,,,H5VC,,,,maftools,,,,甲基库,,,,线粒体2,,,,podkat,,,,QRQC,,,,,,,,RFASTP,,,,rsamtools,,,,scpipe,,,,seqbias,,,,Shortread,,,,transview,,,,变体
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rhtslib_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 rhtslib_1.28.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) rhtslib_1.28.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rhtslib
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rhtslib
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rhtslib/
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