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Rfastp
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DOI:10.18129 / B9.bioc.Rfastp
一个超快和一体化的Fastq预处理器(质量控制，适配器，低质量和polyX微调)和UMI序列解析)。
生物导体版本:发布(3.12)
Rfastp是一个用c++开发的fastp的R包装器。Fastp对fastq文件进行质量控制。包括低质量的碱基切边、polyX切边、适配器自动检测切边、对端读合并、UMI序列/id处理。Rfastp可以将多个文件连接到一个文件中(比如shell命令cat)，并接受多个文件作为输入。
作者:Wei Wang [aut]
， Ji-Dung Luo [ctb]托马斯·卡罗尔[诗歌]
维护者:Thomas Carroll
引文(从R中输入引用(“Rfastp”)):
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!安装BiocManager::install(“Rfastp”)
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“Rfastp”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | Rfastp |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.0.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年) |
| 许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
| 取决于 | |
| 进口 | Rcpp,rjson,ggplot2,reshape2 |
| 链接 | Rcpp,Rhtslib,zlibbioc |
| 建议 | BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown |
| SystemRequirements | GNU使 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | Rfastp_1.0.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Rfastp_1.0.0.zip(32位和64位) |
| macOS 10.13 (High Sierra) | Rfastp_1.0.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rfastp |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rfastp |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Rfastp/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
