Bioconductor版本:发行版(3.13)
RepViz能够以简单有效的方式查看基因组区域。RepViz允许同时查看所研究条件的测序计数的组内和组间变化,以及它们与用户选择的数据分析方法的输出特征(例如已识别的峰值)的比较。RepViz工具主要用于染色质数据,如ChIP-seq和ATAC-seq,但也可以用于其他测序数据,如RNA-seq,或不同类型的基因组数据的组合。
作者:Thomas Faux, Kalle Rytkönen, Asta Laiho, Laura L. Elo
维护者:Thomas Faux, Asta Laiho < Faux。Thomas1 at gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“RepViz”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“RepViz”)
超文本标记语言 | R脚本 | RepViz |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
版本 | 1.8.0 |
在Bioconductor | BioC 3.9 (R-3.6)(2年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.5.1),GenomicRanges(> = 1.30.0),Rsamtools(> = 1.34.1),IRanges(> = 2.14.0),biomaRt(> = 2.36.0),S4Vectors(>= 0.18.0),图形,grDevices, utils |
进口 | |
链接 | |
建议 | knitr,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | RepViz_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | RepViz_1.8.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | RepViz_1.8.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RepViz |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RepViz |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RepViz/ |
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