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RegEnrich
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DOI:10.18129 / B9.bioc.RegEnrich
基因调节剂富集分析
Bioconductor版本:发行版(3.13)
该软件包是识别生物过程中关键基因调节器的管道，例如在细胞分化和刺激后的细胞发育中。在这个过程中有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2)调节器-目标网络推理;(3)富集分析;以及(4)监管机构评分和排名。
作者:陶未扬[cre, aut]， Aridaman Pandit [aut]
维护者:Tao未央
引文(从R内，输入引用(“RegEnrich”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“RegEnrich”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | RegEnrich基因调节器富集 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
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| 版本 | 1.2.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | R (>= 4.0.0)，S4Vectors，dplyr，宠物猫，BiocSet，SummarizedExperiment |
| 进口 | randomForest，fgsea，剂量，BiocParallel，DESeq2，limma，WGCNA，ggplot2(>= 2.2.0)，reshape2，magrittr |
| 链接 | |
| 建议 | GEOquery，rmarkdown，knitr，BiocManager，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | RegEnrich_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | RegEnrich_1.2.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | RegEnrich_1.2.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RegEnrich |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RegEnrich |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RegEnrich/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
