RNAsense

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNAsense

时间分辨RNA-Seq数据的分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

RNA-sense工具比较RNA-seq时间曲线在两个实验条件,即野生型和突变体,和工作在三个步骤。在步骤1,构建表达谱中每个记录一个条件(如野生型)和测试如果转录丰度的增长或显著衰减。动态记录然后分类重叠组(配置文件)的时间点开关向上或向下。在第2步,RNA-sense输出组差异表达成绩单、上升或下调的突变体与野生型相比在每个时间点。在步骤3中,输出之间的相关性(确切概率法)的步骤1(开关,开关,时间剖面组)和步骤2的输出(差异表达转录组)计算。相关分析的结果作为二维彩色印刷情节,随着时间的推移,概要文件和微分表达式组在y轴,分别和促进生物数据的解释。

作者:马库斯Rosenblatt (cre),高Meijang (aut)赫尔格·哈斯(aut), Daria Onichtchouk (aut)

维护人员:马库斯Rosenblatt <马库斯。rosenblatt gmail.com >

安装

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	ggplot2平行,NBPSeq,qvalue,SummarizedExperiment统计,跑龙套的方法
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/marcusrosenblatt/RNAsense
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包档案

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源包	RNAsense_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	RNAsense_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	RNAsense_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	RNAsense_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNAsense
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNAsense
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RNAsense/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RNAsense/
包下载报告	下载数据