RNASeqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNASeqR

RNASeqR:用于自动两组RNA-Seq分析工作流程的R包

Bioconductor版本:Release (3.15)

该R包设计用于病例对照RNA-Seq分析(两组)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”、“环境设置”、“质量评估”、“Reads比对与量化”、“基因级差异分析”和“功能分析”。每个步骤对应于这个包中的一个函数。在按顺序运行函数之后，一个基本的RNASeq分析将很容易完成。

作者:超宽浩

维护人员:Kuan-Hao Chao

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.14.1
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，ggplot2，pathview，刨边机、方法
进口	Rsamtools、工具、网状，舞会礼服，gridExtra，rafalib，FactoMineR，factoextra，corrplot，PerformanceAnalytics，reshape2，DESeq2，systemPipeR，systemPipeRdata，clusterProfiler，org.Hs.eg.db，org.Sc.sgd.db，stringr，pheatmap， grDevices，图形，统计，utils，剂量，Biostrings、并行
链接
建议	knitr，rmarkdown，png、网格RNASeqRData
SystemRequirements	RNASeqR只支持Linux和macOS。不支持。强烈推荐使用Python2。如果您的机器是Python3，请确保'2to3'命令可用。
增强了
URL	https://github.com/HowardChao/RNASeqR
BugReports	https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RNASeqR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RNASeqR/
软件包下载报告	下载数据