ripat
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doi：10.18129/b9.bioc.ripat
逆转录病毒整合模式分析工具（RIPAT）
生物导体版本：版本（3.13）
RIPAT是作为用于逆转录病毒集成位点注释和分布分析的R包装的。RIPAT需要Blast和Blat的局部对齐结果。RIPAT手册中描述了特定的输入格式。RIPAT提供RV集成模式分析结果作为R对象的形式，具有多个张纸和图的Excel文件。
作者：Min-Jeong Baek [AUT，CRE]
维护者：Min-Jeong Baek
引用（从r内，输入引用（“ Ripat”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ ripat”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Ripat”）
| html | R脚本 | RIPAT：逆转录病毒集成模式分析工具 |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | R（> = 4.0） |
| 进口 | Biomart（> = 2.38.0），基因组机（> = 1.34.0），GGPLOT2（> = 3.1.0），grdevices（> = 3.5.3），iranges（> = 2.16.0），核粒子（> = 1.6.3），OpenXLSX（> = 4.1.4），plyr（> = 1.8.4），区域人（> = 1.12.0），rtracklayer（> = 1.42.2），Stats（> = 3.5.3），Stringr（> = 1.3.1），utils（> = 3.5.3） |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特（> = 1.28） |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/bioinfo16/ripat/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | ripat_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | ripat_1.2.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | ripat_1.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ripat |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/ripat |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/ripat/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
