RGMQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RGMQL

R / Bioconductor GenoMetric查询语言

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包将GenoMetric查询语言(GMQL)功能到R环境中。GMQL是一个高层次、声明性语言管理异构基因组数据集用于生物医学目的,使用简单的查询处理基因组区域及其元数据和属性。GMQL采用算法有效地用于大数据使用云计算技术(如Apache Hadoop和火花)允许GMQL现代基础设施上运行,以达到可伸缩性和高性能。它允许创建、处理和提取基因来自不同数据源的数据在本地和远程。我们RGMQL函数允许复杂的查询和处理利用R惯用模式。RGMQL包还提供了一组丰富的辅助类,允许复杂的输入/输出管理和排序,如:ASC, DESC,袋,最小值,最大值,和,AVG,中位数,性病,Q1、Q2、Q3(和许多其他人)。注意,许多RGMQL函数不直接在R环境中执行,但推迟到真正执行。

作者:西蒙帕(aut (cre),马可Masseroli (aut)

维修工:西蒙帕< simonepallotta hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RGMQL”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RGMQL”)

HTML	R脚本	R / Bioconductor RGMQL: GenoMetric查询语言
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.2),RGMQLlib
进口	httr,rJava,GenomicRanges,rtracklayer,data.table跑龙套,plyr,xml2、方法、S4Vectors,dplyr统计数据,胶水,BiocGenerics
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatics.deib.polimi.it/genomic_computing/GMQL/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RGMQL_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	RGMQL_1.17.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RGMQL
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RGMQL
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RGMQL/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RGMQL/
包下载报告	下载数据