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REMP
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DOI:10.18129 / B9.bioc.REMP
重复元素甲基化预测
Bioconductor版本:发行版(3.15)
基于机器学习的工具，通过学习周围的遗传和表观遗传信息来预测位点特异性重复元素(RE)的DNA甲基化。这些工具提供了稀土上DNA甲基化预测的全基因组和单碱基分辨率，这是使用基于阵列或基于测序的平台难以测量的，这使得稀土上表观基因组范围的关联研究(EWAS)和差异甲基化区域(DMR)分析成为可能。
作者:郑一南[aut, cre]，刘磊[aut]，张伟[aut]， Warren Kibbe [aut]，侯立芳[aut, cph]
维护者:Yinan Zheng
引用(从R中，输入引用(“REMP”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("REMP")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“REMP”)
| R脚本 | 介绍REMP包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
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| 版本 | 1.20.1 |
| Bioconductor自 | BioC 3.5 (R-3.4)(5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.6),SummarizedExperiment(> = 1.1.6),minfi(> = 1.22.0) |
| 进口 | readr，rtracklayer，图形，统计，工具，方法，设置，BiocGenerics，S4Vectors，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb，BiocParallel，doParallel平行,foreach，脱字符号，kernlab，管理员，BSgenome，AnnotationHub，org.Hs.eg.db，嫁祸于，迭代器 |
| 链接 | |
| 建议 | IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，minfiDataEPIC |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/YinanZheng/REMP |
| BugReports | https://github.com/YinanZheng/REMP/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | REMP_1.20.1.tar.gz |
| Windows二进制 | REMP_1.20.1.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | REMP_1.20.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/REMP |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ REMP |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/REMP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
| bioc3.15的旧源包 | 源存档 |
