RCX

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCX

R包实现了Cytoscape Exchange (CX)格式

Bioconductor版本:发行版(3.16)

以Cytoscape exchange (CX)格式创建、处理、验证、可视化网络并将其转换为标准数据类型和对象。这个包还提供了与iGraph和graphNEL对象之间的转换。CX格式也被NDEx平台(生物网络的在线公共资源)和网络可视化软件Cytocape所使用。

作者:弗洛里安·奥尔[aut, cre]

维护者:Florian Auer < Florian。Auer在informatik.uni-augsburg.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RCX”)

超文本标记语言	R脚本	01.一个R包，实现了Cytoscape Exchange (CX)格式
超文本标记语言	R脚本	02.从头创建RCX
超文本标记语言	R脚本	03.扩展RCX数据模型
超文本标记语言	R脚本	附录:RCX和CX数据模型
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.2.1 "
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	jsonlite，plyr，igraph、方法
链接
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown，base64enc，图
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/frankkramer-lab/RCX
BugReports	https://github.com/frankkramer-lab/RCX/issues
全靠我	ndexr
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RCX_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	RCX_1.2.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	RCX_1.2.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	RCX_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCX
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RCX
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RCX/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCX/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档