QUBIC

DOI:10.18129 / B9.bioc.QUBIC

R包支持基因的定性biclustering co-expression分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个R包的核心功能是提供well-cited和美观QUBIC算法的实现,旨在提供一种有效的和高效的biclustering能力。这个包还包括以下相关功能:(i)的定性表示输入基因表达数据,通过一个精心设计的离散化方法考虑底层数据属性,可直接用于其他biclustering项目;使用的热图(ii)的可视化识别biclusters支持整体的表达模式分析;(3)bicluster-based co-expression网络说明和可视化,在不同的一对基因之间的相关系数分数提供;及(iv)概括biclusters输出格式和相应的网络可以免费下载,这样用户可以很容易地做后综合功能富集分析(例如大卫)和先进的网络可视化(例如Cytoscape)。

作者:豫章(aut (cre),秦马(aut)

维护人员:豫章< zy26 jlu.edu.cn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“QUBIC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“QUBIC”)

PDF	R脚本	QUBIC教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	CC BY-NC-ND 4.0 +文件许可证
取决于	R (> = 3.1), biclust
进口	Rcpp(> = 0.11.0)它,方法,矩阵
链接	Rcpp, RcppArmadillo
建议	QUBICdata、qgraph字段、knitr rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11日Rtools (> = 3.1)
增强了	RColorBrewer
URL	http://github.com/zy26/QUBIC
BugReports	http://github.com/zy26/QUBIC/issues
取决于我
进口我	mosbi
建议我	runibic
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	QUBIC_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	QUBIC_1.28.0.zip
macOS二进制(x86_64)	QUBIC_1.28.0.tgz
macOS二进制(arm64)	QUBIC_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QUBIC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QUBIC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/QUBIC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QUBIC/
包下载报告	下载数据