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PureCN
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DOI:10.18129 / B9.bioc.PureCN
拷贝号调用和SNV分类使用目标短读测序
Bioconductor版本:Release (3.15)
该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性损失(LOH)，并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变体(SNVs)进行分类。PureCN是专为靶向短读测序数据而设计的，与标准的体细胞变异检测和拷贝数管道集成良好，并支持不匹配正常样本的肿瘤样本。
作者:Markus Riester [aut, cre]
，安加德·p·辛格[au]
维护者:Markus Riester < Markus。里斯特在novarti.com >
引文(从R内，输入引用(“PureCN”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“PureCN”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 最佳实践，快速启动和命令行使用 |
| R脚本 | PureCN R包概述 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 2.2.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(6年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.5.0)，DNAcopy，VariantAnnotation(> = 1.14.1) |
| 进口 | GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer，S4Vectors，data.table， grDevices，图形，统计，utils，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，Rsamtools，Biobase，Biostrings，BiocGenerics，rtracklayer，ggplot2，gridExtra，futile.logger，VGAM，工具，方法，mclust，rhdf5，矩阵 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocParallel，BiocStyle，PSCBS，R.utils，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，copynumber，covr，knitr，optparse，org.Hs.eg.db，jsonlite，减价，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | 基因组数据库(>= 0.0.3) |
| URL | https://github.com/lima1/PureCN |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | PureCN_2.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | PureCN_2.2.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | PureCN_2.2.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PureCN |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
