- 首页
- Bioconductor 3.15
- 软件包
- ProteoDisco
ProteoDisco
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.ProteoDisco
从基因组变体，剪接连接和手动序列生成定制的蛋白质变体数据库
Bioconductor版本:Release (3.15)
ProteoDisco是一个R包，以促进蛋白质基因组学研究。它的功能是根据用户提交的基因组变体、剪接连接、融合基因和手动转录序列创建定制的(变体)蛋白质数据库。灵活的工作流程可以被采用，以适应无数的研究和实验设置。
作者:Job van Riet [cre]， Wesley van de Geer [aut]， Harmen van de Werken [ths]
维护者:Job van Riet
引文(从R内，输入引用(“ProteoDisco”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“ProteoDisco”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | Overview_Proteodisco |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在Bioconductor | bio3.14 (R-4.1)(1年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 4.1.0) |
| 进口 | BiocGenerics(> = 0.38.0),BiocParallel(> = 1.26.0),Biostrings(> = 2.60.1),使彻底失败(> = 2.0.0),切肉刀(> = 1.30.0),dplyr(> = 1.0.6),GenomeInfoDb(> = 1.28.0),GenomicFeatures(> = 1.44.0),GenomicRanges(> = 1.44.0),IRanges(>= 2.26.0)，方法(>= 4.1.0)，ParallelLogger(> = 2.0.1),plyr(> = 1.8.6),rlang(> = 0.4.11),S4Vectors(> = 0.30.0),宠物猫(> = 3.1.2),tidyr(> = 1.1.3),VariantAnnotation(> = 1.36.0),XVector(> = 0.32.0) |
| 链接 | |
| 建议 | AnnotationDbi(> = 1.54.1),BSgenome(> = 1.60.0),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 3),BiocStyle(> = 2.20.1),DelayedArray(> = 0.18.0),devtools(> = 2.4.2),knitr(> = 1.33),matrixStats(> = 0.59.0),减价(> = 1.1),org.Hs.eg.db(> = 3.13.0),purrr(> = 0.3.4),RCurl(> = 1.98.1.3),readr(> = 1.4.0),ggplot2(> = 3.3.5),rmarkdown(> = 2.9),rtracklayer(> = 1.52.0),seqinr(> = 4.2.8),stringr(> = 1.4.0),reshape2(> = 1.4.4),尺度(> = 1.1.1),testthat(> = 3.0.3),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco |
| BugReports | https://github.com/ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | ProteoDisco_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | ProteoDisco_1.2.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | ProteoDisco_1.2.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ProteoDisco |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ProteoDisco |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ProteoDisco/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
