ProteoDisco

DOI:10.18129 / B9.bioc.ProteoDisco

从基因组变体,剪接连接和手动序列生成定制的蛋白质变体数据库

Bioconductor版本:Release (3.15)

ProteoDisco是一个R包,以促进蛋白质基因组学研究。它的功能是根据用户提交的基因组变体、剪接连接、融合基因和手动转录序列创建定制的(变体)蛋白质数据库。灵活的工作流程可以被采用,以适应无数的研究和实验设置。

作者:Job van Riet [cre], Wesley van de Geer [aut], Harmen van de Werken [ths]

维护者:Job van Riet

引文(从R内,输入引用(“ProteoDisco”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ProteoDisco”)

超文本标记语言 R脚本 Overview_Proteodisco
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细节

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版本 1.2.0
在Bioconductor bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1.0)
进口 BiocGenerics(> = 0.38.0),BiocParallel(> = 1.26.0),Biostrings(> = 2.60.1),使彻底失败(> = 2.0.0),切肉刀(> = 1.30.0),dplyr(> = 1.0.6),GenomeInfoDb(> = 1.28.0),GenomicFeatures(> = 1.44.0),GenomicRanges(> = 1.44.0),IRanges(>= 2.26.0),方法(>= 4.1.0),ParallelLogger(> = 2.0.1),plyr(> = 1.8.6),rlang(> = 0.4.11),S4Vectors(> = 0.30.0),宠物猫(> = 3.1.2),tidyr(> = 1.1.3),VariantAnnotation(> = 1.36.0),XVector(> = 0.32.0)
链接
建议 AnnotationDbi(> = 1.54.1),BSgenome(> = 1.60.0),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 3),BiocStyle(> = 2.20.1),DelayedArray(> = 0.18.0),devtools(> = 2.4.2),knitr(> = 1.33),matrixStats(> = 0.59.0),减价(> = 1.1),org.Hs.eg.db(> = 3.13.0),purrr(> = 0.3.4),RCurl(> = 1.98.1.3),readr(> = 1.4.0),ggplot2(> = 3.3.5),rmarkdown(> = 2.9),rtracklayer(> = 1.52.0),seqinr(> = 4.2.8),stringr(> = 1.4.0),reshape2(> = 1.4.4),尺度(> = 1.1.1),testthat(> = 3.0.3),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco
BugReports https://github.com/ErasmusMC-CCBC/ProteoDisco/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ProteoDisco_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 ProteoDisco_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) ProteoDisco_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ProteoDisco
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ProteoDisco
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ProteoDisco/
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