波特拉

DOI：10.18129 / b9.bioc.potra.

波托拉：拓扑排名分析的途径

Biocometiond版本：释放（3.12）

Potra分析基于生物途径中基因的拓扑等级。波托拉可用于检测疾病所涉及的途径（李，刘＆dinu，2018）。我们使用PageRank测量每个生物途径中基因的相对拓扑等级，然后为每种途径选择轮毂基因，并使用渔民精确测试以确定每种途径中的轮毂基因的数量是否从正常到癌症改变（李，刘＆Dinu，2018）。或者，如果在正常和癌症之间改变途径中基因的拓扑等级的分布，则该途径也可以参与癌症（Li，Liu＆Dinu，2018）。因此，我们使用Kolmogorov-smirnov测试来检测在两种表型之间具有改变的拓扑等级分布的途径（Li，Liu＆Dinu，2018）。Potra可以与Devel石墨图书馆的Kegg，Biocarta，Reactome，NCI，SMPDB和PharmgKB数据库一起使用。

作者：Chaoxing Li，Li Liu和Valentin Dinu

维护者：Valentin Dinu

安装

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版本	1.6.0
在生物导体中以来	BIOC 3.9（R-3.6）（2年）
执照	LGPL.
依靠	r（> = 3.6.0），统计数据，生物根系那org.hs.eg.db.那iGraph.那图形那石墨
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源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/potra.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/托尔拉
包短网址	https://biocumon.org/packages/potra/
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