PathNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.PathNet

使用拓扑信息进行路径分析的R包

Bioconductor版本:Release (3.15)

PathNet利用存在于路径和基因差异表达水平中的拓扑信息(从微阵列实验中获得)来识别1)显著富集和2)在差异表达上下文中相互关联的路径。该算法描述在:PathNet:一种使用拓扑信息进行路径分析的工具。杜塔B, Wallqvist A, Reifman J.源代码生物学和医学2012年9月24日;7(1):10。

作者:Bhaskar Dutta < Bhaskar。dutta在gmail.com>， Anders Wallqvist ， Jaques Reifman

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PathNet”)

PDF	R脚本	PathNet
PDF		参考手册

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.36.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口
链接
建议	PathNetData，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	PathNet_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	PathNet_1.36.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	PathNet_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PathNet
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PathNet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PathNet/
软件包下载报告	下载数据