PDATK

DOI:10.18129 / B9.bioc.PDATK

胰腺导管腺癌工具包

Bioconductor版本:发行版(3.13)

胰导管腺癌(PDA)预后较差，是最致命的癌症之一。基因表达谱的分子分类具有识别有意义的亚型的潜力，可以为临床环境中的治疗策略提供信息。胰腺癌腺癌工具包(PDATK)提供了一个基于S4类的接口，用于执行无监督亚型发现、跨队列元聚类、基于基因表达的分类和随后的生存分析，以确定胰腺癌及其他癌症的预后有用亚型。两种新的方法，胰腺癌共识亚型(CSPC)和胰腺癌总体生存预测(PCOSP)分别用于基于共识的元聚类和总体生存预测。此外，还包括四个已发表的子类型分类器和三个已发表的预后基因标记，以便用户轻松地重新创建已发表的结果，将现有的分类器应用于新数据，并对新方法的相对性能进行基准测试。使用现有的Bioconductor类作为所有PDATK类和方法的输入，可以与现有的Bioconductor数据集集成，包括metagx胰腺数据包中可用的21个胰腺癌患者队列。PDATK已被用于复制Sandhu等人(2019)[https://doi.org/10.1200/cci.18.00102]的结果，另外一篇论文正在使用CSPC来验证包含的已发表分类器中的子类型，这两篇论文都使用了metagxpancreatic中可用的数据。来自这些和其他出版物的亚型质心和预后基因标记的包含将使研究人员和临床医生能够对新的患者基因表达数据进行分类，允许PDATK中包含的分类器的直接临床应用。总的来说，PDATK提供了一套丰富的工具来识别和验证基于基因表达数据的有用的预后和分子亚型，对现有的新分类器进行基准测试，并将发现的分类器应用于新的患者数据，为临床决策提供信息。

作者:Vandana Sandhu [aut]， Heewon Seo [aut]， Christopher Eeles [aut]， Benjamin Haibe-Kains [aut, cre]

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PDATK")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PDATK”)

超文本标记语言	R脚本	CSPC_model_analysis.html
超文本标记语言	R脚本	PCOSP_model_analysis.html
超文本标记语言	R脚本	PDATK_introduction.html
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)，SummarizedExperiment
进口	data.table，MultiAssayExperiment，ConsensusClusterPlus，igraph，ggplotify，matrixStats，RColorBrewer，clusterRepro，CoreGx，脱字符号，survminer、方法、S4Vectors，BiocGenerics，生存统计数据,plyr，dplyr，MatrixGenerics，BiocParallel，rlang，钢琴，尺度，survcomp，genefu，ggplot2，开关箱，reportROC，pROC，验证,跑龙套
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),msigdbr，BiocStyle，rmarkdown，knitr，HDF5Array
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/bhklab/PDATK/issues
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包档案

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源包	PDATK_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	PDATK_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	PDATK_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PDATK
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PDATK
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PDATK/
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