OmnipathR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OmnipathR

OmniPath web服务客户机等等

Bioconductor版本:版本(3.15)

OmniPath web服务的客户端(https://www.omnipathdb.org)和许多其他资源。它还包括功能转换和打印一些下载的数据,函数来访问许多其他资源,如BioPlex ConsensusPathDB, EVEX,基因本体,药理学(IUPHAR / BPS)指南,Harmonizome, HTRIdb,人类表型本体,InWeb InBioMap, KEGG通路,通路,Ramilowski et al . 2015年,RegNetwork,重新映射,TF普查,TRRUST Vinayagam et al . 2011。此外,OmnipathR特性与NicheNet紧密结合配体活动从转录组数据预测的方法,及其R实现“nichenetr”(只有在github)。

作者:阿尔贝托Valdeolivas (aut)aut,窝Turei (cre),阿提拉伽柏(aut)

维护人员:窝Turei < turei.denes gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“OmnipathR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“OmnipathR”)

HTML	R脚本	建立网络使用OmnipathR药物靶点
HTML	R脚本	数据库管理器
HTML	R脚本	额外的属性
HTML	R脚本	OmniPath Bioconductor车间
HTML	R脚本	OmnipathR: R OmniPath web服务客户端
HTML	R脚本	道路建设
HTML	R脚本	用NicheNet OmnipathR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	3.4.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	使彻底失败,蜡笔,旋度,消化,dplyr,httr,igraph,jsonlite,晚些时候,日志记录器,magrittr,进步,purrr,rappdirs,readr(> = 2.0.0),readxl,rlang统计数据,stringr,宠物猫,tidyr,tidyselect、工具、跑龙套withr,xml2,yaml
链接
建议	BiocStyle,bookdown,dnet,ggplot2,ggraph,gprofiler2,knitr,mlrMBO,parallelMap,ParamHelpers,Rgraphviz,rmarkdown,smoof,supraHex,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/OmnipathR/
BugReports	https://github.com/saezlab/OmnipathR/issues
取决于我
进口我	wppi
建议我	解耦
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	OmnipathR_3.4.0.tar.gz
Windows二进制	OmnipathR_3.4.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	OmnipathR_3.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmnipathR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OmnipathR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OmnipathR/
包下载报告	下载数据