NxtIRFcore

DOI:10.18129 / B9.bioc.NxtIRFcore

核心引擎NxtIRF:一个用户友好的基因内区保留和可变剪接分析使用IRFinder引擎

Bioconductor版本:版本(3.16)

交互地分析基因内区保留和可变剪接事件(ASE) RNA-seq数据。BAM NxtIRF量化ASE事件文件一致使用splice-aware基因组对准器等明星。核心的定量算法依赖于IRFinder / c++引擎移植通过Rcpp多平台的兼容性。此外,NxtIRF提供方便的管道下游分析和publication-ready可视化工具。注意,NxtIRFcore现在取而代之的是SpliceWiz Bioconductor 3.16起。

作者:亚历克斯芽黄黑(cre, aut cph],威廉•里奇(cph) Ulf施密茨(施)

维修工:亚历克斯芽黄黑<。黄在centenary.org.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NxtIRFcore”)

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文档

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HTML	R脚本	NxtIRFcore:微分可变剪接和基因内区保留分析
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),NxtIRFdata
进口	方法、统计跑龙套、工具、平行,magrittr,Rcpp(> = 1.0.5),data.table,置,ggplot2,AnnotationHub,BiocFileCache,BiocGenerics,BiocParallel,Biostrings,BSgenome,DelayedArray,DelayedMatrixStats,genefilter,GenomeInfoDb,GenomicRanges,HDF5Array,IRanges,情节,R.utils,rhdf5,rtracklayer,SummarizedExperiment,S4Vectors
链接	Rcpp,zlibbioc,RcppProgress
建议	knitr,rmarkdown,pheatmap,闪亮的,openssl,蜡笔,蛋,DESeq2,limma,DoubleExpSeq,Rsubread,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/alexchwong/NxtIRFcore
BugReports	https://support.bioconductor.org/
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NxtIRFcore_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	NxtIRFcore_1.4.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	NxtIRFcore_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	NxtIRFcore_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NxtIRFcore
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NxtIRFcore
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NxtIRFcore/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NxtIRFcore/
包下载报告	下载数据