诺斯

doi：10.18129/b9.bioc.norce

NORCE：非编码RNA设置顺式注释和富集

生物导体版本：版本（3.15）

虽然某些非编码RNA（NCRNA）是指关键的调节作用，但大多数在功能上仍然没有表征。每当需要在功能环境中分析一组有趣的NCRNA时，这会提出挑战。位于基因组附近的转录本通常会一起调节。序列上的这种基因组接近性可以暗示功能关联。我们提出了一种工具Norce，该工具对给定的NCRNA进行了CIS富集分析。使用位于输入NCRNA的近端的编码基因的功能注释进行富集。可以合并其他与生物学相关的信息，例如拓扑关联域（TAD）边界，共表达模式和miRNA目标预测信息，以进行更丰富的富集分析。为此，NORCE包括几个相关数据集作为其数据存储库的一部分，包括细胞系特定的TAD边界，功能基因集和用于癌症的编码和NCRNA的表达数据。此外，用户可以在调查中使用自定义数据文件。富集结果可以以表格格式检索或以几种不同的方式可视化。 NoRCE is currently available for the following species: human, mouse, rat, zebrafish, fruit fly, worm, and yeast.

作者：Gulden Olgun [AUT，CRE]

维护者：Gulden Olgun

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Norce”）

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html	R脚本	非编码RNA集顺式注释和富集
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细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	keggrest，，，，PNG，，，，dplyr，图形，rsqlite，，，，DBI，，，，花花公子，grdevices，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，Reactome.db，，，，rwikipathways，，，，rcurl，，，，dbplyr，utils，GGPLOT2，，，，Igraph，统计RESHAPE2，，，，readr，，，，go.db，，，，Zlibbioc，，，，Biomart，，，，rtracklayer，，，，iranges，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，AnnotationDbi
链接
建议	尼特，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.drerio.ucsc.danrer10.refgene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene，，，，测试，，，，txdb.celegans.ucsc.ce11.refgene，，，，rmarkDown，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.refgene，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.mm.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.dr.eg.db，，，，生物基因，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.dm.eg.db， 方法，降价
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/guldenolgun/norce/issues
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包装档案

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源包	norce_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	norce_1.8.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	norce_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/norce
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/norce
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/norce/
软件包下载报告	下载统计