NewWave

DOI:10.18129 / B9.bioc.NewWave

scRNA-seq负二项模型

Bioconductor版本:版本(3.15)

降维的模型设计和批处理效果为scRNA-seq数据删除。它被设计成大规模的并行使用共享对象,防止内存复制,它可以用于不同的mini-batch方法以减少时间消耗。它假定的负二项分布数据与色散参数可以genewise commonwise跨基因。

作者:费德里科•Agostinis (aut (cre),奇亚拉Romualdi (aut) Gabriele销售(aut),大卫Risso (aut)

维护人员:费德里科•Agostinis <费德里科•。在outlook.com agostinis >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NewWave”)

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文档

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细节

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版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment
进口	方法,SingleCellExperiment平行,irlba,矩阵,DelayedArray,BiocSingular,SharedObject,统计数据
链接
建议	testthat,rmarkdown,飞溅,mclust,Rtsne,ggplot2,Rcpp,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/fedeago/NewWave/issues
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包档案

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源包	NewWave_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	NewWave_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	NewWave_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NewWave
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NewWave
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NewWave/
包下载报告	下载数据