Netsam
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.netsam
网络串行和模块化
生物导体版本：版本（3.13）
NetSAM（网络串行和模块化）软件包将加权或未加权网络作为输入，执行网络序列化和模块化分析，并生成可以用作一维网络可视化的输入的文件工具NETGESTALT（http://www.netgestalt.org）或其他网络分析。NetSAM软件包还可以基于输入矩阵数据生成相关网络（例如共表达网络），对相关网络执行序列化和模块化分析，并计算样本特征和模块之间的关联，或识别模块的关联GO术语。
作者：Jing Wang
维护者：gmail.com> jhiao shi
引用（从r内，输入引用（“ netsam”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ netsam”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ NetSAM”）
| R脚本 | NetSAM用户指南 | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.32.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.13（R-3.0）（7。5年） |
| 执照 | LGPL |
| 要看 | r（> = 3.0.0），串行（> = 1.0-6），Igraph（> = 0.6-1），工具（> = 3.0.0），WGCNA（> = 1.34.0），Biomart（> = 2.18.0） |
| 进口 | 方法，AnnotationDbi（> = 1.28.0），多帕尔（> = 1.0.10），foreach（> = 1.4.0），生存（> = 2.37-7），go.db（> = 2.10.0），R2HTML（> = 2.2.0），DBI（> = 0.5-1） |
| 链接 | |
| 建议 | 运行，，，，生物基因，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.dr.eg.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.cf.eg.db，，，，org.dm.eg.db，，，，org.at.tair.db，，，，rmarkDown，，，，尼特，，，，降价 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | netsam_1.32.0.tar.gz |
| Windows二进制 | netsam_1.31.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | netsam_1.32.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netsam |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/netsam |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/netsam/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
