Netsam

doi:10.18129/b9.bioc.netsam

网络串行和模块化

生物导体版本:版本(3.13)

NetSAM(网络串行和模块化)软件包将加权或未加权网络作为输入,执行网络序列化和模块化分析,并生成可以用作一维网络可视化的输入的文件工具NETGESTALT(http://www.netgestalt.org)或其他网络分析。NetSAM软件包还可以基于输入矩阵数据生成相关网络(例如共表达网络),对相关网络执行序列化和模块化分析,并计算样本特征和模块之间的关联,或识别模块的关联GO术语。

作者:Jing Wang

维护者:gmail.com> jhiao shi

引用(从r内,输入引用(“ netsam”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ netsam”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ NetSAM”)

PDF R脚本 NetSAM用户指南
PDF 参考手册

细节

生物浏览 bob 体育平台下载
版本 1.32.0
在生物导体中 Bioc 2.13(R-3.0)(7。5年)
执照 LGPL
要看 r(> = 3.0.0),串行(> = 1.0-6),Igraph(> = 0.6-1),工具(> = 3.0.0),WGCNA(> = 1.34.0),Biomart(> = 2.18.0)
进口 方法,AnnotationDbi(> = 1.28.0),多帕尔(> = 1.0.10),foreach(> = 1.4.0),生存(> = 2.37-7),go.db(> = 2.10.0),R2HTML(> = 2.2.0),DBI(> = 0.5-1)
链接
建议 运行,,,,生物基因,,,,org.sc.sgd.db,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,org.rn.eg.db,,,,org.dr.eg.db,,,,org.ce.eg.db,,,,org.cf.eg.db,,,,org.dm.eg.db,,,,org.at.tair.db,,,,rmarkDown,,,,尼特,,,,降价
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 netsam_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 netsam_1.31.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) netsam_1.32.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netsam
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/netsam
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/netsam/
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