MultiAssayExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.MultiAssayExperiment

在Bioconductor集成多组学实验的软件

Bioconductor版本:发行版(3.13)

MultiAssayExperiment协调了在重叠标本集上执行的多个实验分析的数据管理。它通过扩展summarizeexperiment的概念,提供了熟悉的Bioconductor用户体验,支持开放式的标准数据类混合,用于个人分析,并允许通过基因组范围或行名进行子集设置。提供了将数据重塑为宽格式和长格式的工具,以适应绘图和下游分析。

作者:Marcel Ramos [aut, cre], Levi Waldron [aut], MultiAssay SIG [ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“MultiAssayExperiment”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MultiAssayExperiment")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MultiAssayExperiment”)

超文本标记语言 R脚本 多分析实验的协调分析
超文本标记语言 R脚本 hdf5阵列和MultiAssayExperiment
PDF MultiAssayExperiment_cheatsheet.pdf
超文本标记语言 R脚本 快速启动指南
PDF 参考手册
文本 新闻
视频 MultiAssayExperiment演示
视频 Marcel Ramos, Workshop 200: MultiAssayExperiment和策展tcgadata生物导体2020研讨会

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.18.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0.0),SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口 方法,GenomicRanges(> = 1.25.93),BiocGenericsS4Vectors(> = 0.23.19),IRangesBiobase统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议 BiocStyleHDF5Array(> = 1.19.17),knitrmaftools(> = 2.7.10),rmarkdownR.rspRaggedExperimentUpSetR生存survminertestthat
SystemRequirements
增强了
URL http://waldronlab.io/MultiAssayExperiment/
BugReports https://github.com/waldronlab/MultiAssayExperiment/issues
全靠我 篮球选手cBioPortalDataClassifyRcuratedTCGADataevaluomeRglmSparseNethipathiaInTADmicrobiomeDataSetsmidasHLAmissRowsOMICsPCAdataQFeaturesSingleCellMultiModalTimiRGeN
进口我 AffiXcan意大利苦杏酒微生物自治CoreGx科拉尔埃尔默还装有HMP2DataLinkHDmetabolomicsWorkbenchR现代艺术博物馆MultiBaCnetDxOMICsPCAomicsPrint莲花PDATKPharmacoGxscpTCGAutils
建议我 BiocOncoTKbrgedataCNVRanger德科maftoolsMOFA2MOFAdataMultiDataSetRaggedExperiment
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MultiAssayExperiment_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 MultiAssayExperiment_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) MultiAssayExperiment_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MultiAssayExperiment
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MultiAssayExperiment
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MultiAssayExperiment/
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