MultiAssayExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.MultiAssayExperiment

在Bioconductor集成多组学实验的软件

Bioconductor版本:发行版(3.13)

MultiAssayExperiment协调了在重叠标本集上执行的多个实验分析的数据管理。它通过扩展summarizeexperiment的概念，提供了熟悉的Bioconductor用户体验，支持开放式的标准数据类混合，用于个人分析，并允许通过基因组范围或行名进行子集设置。提供了将数据重塑为宽格式和长格式的工具，以适应绘图和下游分析。

作者:Marcel Ramos [aut, cre]， Levi Waldron [aut]， MultiAssay SIG [ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MultiAssayExperiment")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MultiAssayExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	多分析实验的协调分析
超文本标记语言	R脚本	hdf5阵列和MultiAssayExperiment
PDF		MultiAssayExperiment_cheatsheet.pdf
超文本标记语言	R脚本	快速启动指南
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		MultiAssayExperiment演示
视频		Marcel Ramos, Workshop 200: MultiAssayExperiment和策展tcgadata生物导体2020研讨会

细节

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版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)，SummarizedExperiment(> = 1.3.81)
进口	方法,GenomicRanges(> = 1.25.93),BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges，Biobase统计数据,tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，HDF5Array(> = 1.19.17),knitr，maftools(> = 2.7.10),rmarkdown，R.rsp，RaggedExperiment，UpSetR，生存，survminer，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://waldronlab.io/MultiAssayExperiment/
BugReports	https://github.com/waldronlab/MultiAssayExperiment/issues
全靠我	篮球选手，cBioPortalData，ClassifyR，curatedTCGAData，evaluomeR，glmSparseNet，hipathia，InTAD，microbiomeDataSets，midasHLA，missRows，OMICsPCAdata，QFeatures，SingleCellMultiModal，TimiRGeN
进口我	AffiXcan，意大利苦杏酒，微生物，自治，CoreGx，科拉尔，埃尔默，还装有，HMP2Data，LinkHD，metabolomicsWorkbenchR，现代艺术博物馆，MultiBaC，netDx，OMICsPCA，omicsPrint，莲花，PDATK，PharmacoGx，scp，TCGAutils
建议我	BiocOncoTK，brgedata，CNVRanger，德科，maftools，MOFA2，MOFAdata，MultiDataSet，RaggedExperiment
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MultiAssayExperiment_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	MultiAssayExperiment_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MultiAssayExperiment_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MultiAssayExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MultiAssayExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MultiAssayExperiment/
软件包下载报告	下载数据