MOONLIGHTR

doi：10.18129/b9.bioc.moonlightr

从OMICS数据中鉴定肿瘤基因和肿瘤抑制基因

生物导体版本：版本（3.15）

动机：对癌症机制的理解需要鉴定基因在病理发展及其作用（尤其是癌基因和肿瘤抑制子）中起作用。结果：我们提出了一个称为Moonlightr的R/生物导体包，该软件包根据TCGA表达数据返回特定癌症类型的候选驱动器基因列表。该方法首先渗透基因调节网络，然后进行功能富集分析（FEA）（实施上游调节剂分析，URA），以评分众所周知的生物学过程对所研究的癌症类型的重要性。最终，通过随机森林，Moonlightr预测了候选驱动器基因的两个特定作用：i）肿瘤抑制基因（TSGS）和II）致癌基因（OCGS）。结果，该方法不仅鉴定出具有双重作用的基因（例如，一种癌症类型的TSG，在另一种癌症中进行了OCG），还有助于阐明其特定角色的生物学过程。特别是，Moonlightr可用于发现相同癌症类型的OCG和TSG。这可能有助于回答一些问题，某些基因是否改变了早期阶段（I，II）和晚期（III，IV）在乳腺癌中的作用。将来，该分析对于确定对化学治疗的不同耐药性的原因可能很有用。

作者：Antonio Colaprico [Aut]，Catharina Olsen [AUT]，Matthew H. Bailey [Aut]，Gabriel J. Odom [Aut]，Thilde Terkelsen [aut]，Mona Nourbakhsh [aut]，Astrid Saksager [aut]，Tiago C C。Silva [aut]，AndréV。Olsen [aut]，Laura Cantini [aut]，Andrei Zinovyev [aut]，Emmanuel Barillot [aut]，Houtan Noushmehr [aut]，Gloria Bertoli [aut]Claudia Cava [aut]，Gianluca Bontempi [aut]，XI Steven Chen [aut]，Elena Papaleo [aut]，Matteo Tiberti [Cre，Aut]

维护者：癌症的Matteo Tiberti

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ moonlightr”）

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文档

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版本	1.22.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（6年）
执照	GPL（> = 3）
要看	r（> = 3.5），多帕尔，，，，foreach
进口	帕马森，，，，Randomforest，，，，总结性特征，，，，GPLOTS，，，，循环，，，，rcolorbrewer，，，，hiver，，，，clusterProfiler，，，，剂量，，，，生物酶，，，，林玛，grdevices，图形，tcgabiolinks，，，，地球，统计rism，网格，utils
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，DevTools，，，，roxygen2，，，，PNG
系统要求
增强
URL	https://github.com/elelab/moonlightr
BugReports	https://github.com/elelab/moonlightr/issues
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包装档案

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源包	moonlightr_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	moonlightr_1.22.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	moonlightr_1.22.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/moonlightr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/moonlightr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/moonlightr/
软件包下载报告	下载统计