MOONLIGHTR
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从OMICS数据中鉴定肿瘤基因和肿瘤抑制基因
生物导体版本：版本（3.15）
动机：对癌症机制的理解需要鉴定基因在病理发展及其作用（尤其是癌基因和肿瘤抑制子）中起作用。结果：我们提出了一个称为Moonlightr的R/生物导体包，该软件包根据TCGA表达数据返回特定癌症类型的候选驱动器基因列表。该方法首先渗透基因调节网络，然后进行功能富集分析（FEA）（实施上游调节剂分析，URA），以评分众所周知的生物学过程对所研究的癌症类型的重要性。最终，通过随机森林，Moonlightr预测了候选驱动器基因的两个特定作用：i）肿瘤抑制基因（TSGS）和II）致癌基因（OCGS）。结果，该方法不仅鉴定出具有双重作用的基因（例如，一种癌症类型的TSG，在另一种癌症中进行了OCG），还有助于阐明其特定角色的生物学过程。特别是，Moonlightr可用于发现相同癌症类型的OCG和TSG。这可能有助于回答一些问题，某些基因是否改变了早期阶段（I，II）和晚期（III，IV）在乳腺癌中的作用。将来，该分析对于确定对化学治疗的不同耐药性的原因可能很有用。
作者：Antonio Colaprico [Aut]，Catharina Olsen [AUT]，Matthew H. Bailey [Aut]，Gabriel J. Odom [Aut]，Thilde Terkelsen [aut]，Mona Nourbakhsh [aut]，Astrid Saksager [aut]，Tiago C C。Silva [aut]，AndréV。Olsen [aut]，Laura Cantini [aut]，Andrei Zinovyev [aut]，Emmanuel Barillot [aut]，Houtan Noushmehr [aut]，Gloria Bertoli [aut]Claudia Cava [aut]，Gianluca Bontempi [aut]，XI Steven Chen [aut]，Elena Papaleo [aut]，Matteo Tiberti [Cre，Aut]
维护者：癌症的Matteo Tiberti
引用（从r内，输入引用（“ Moonlightr”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ moonlightr”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Moonlightr”）
| html | R脚本 | 小插图标题 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.22.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（6年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 要看 | r（> = 3.5），多帕尔，，，，foreach |
| 进口 | 帕马森，，，，Randomforest，，，，总结性特征，，，，GPLOTS，，，，循环，，，，rcolorbrewer，，，，hiver，，，，clusterProfiler，，，，剂量，，，，生物酶，，，，林玛，grdevices，图形，tcgabiolinks，，，，地球，统计rism，网格，utils |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，DevTools，，，，roxygen2，，，，PNG |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/elelab/moonlightr |
| BugReports | https://github.com/elelab/moonlightr/issues |
| 取决于我 | |
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| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | moonlightr_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | moonlightr_1.22.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | moonlightr_1.22.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/moonlightr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/moonlightr |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/moonlightr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
