Bioconductor版本:版本(3.16)
这是一个R /闪亮的包进行功能富集分析微生物组的数据。这个包是基于clusterProfiler。此外,MicrobiomeProfiler支持KEGG富集分析,齿轮富集分析,Microbe-Disease协会富集分析,Metabo-Pathway分析。
作者:陈Meijun (aut (cre)黑色,Guangchuang Yu (aut)
维护人员:陈Meijun < mjchen1996 outlook.com >
从内部引用(R,回车引用(“MicrobiomeProfiler”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MicrobiomeProfiler”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“MicrobiomeProfiler”)
HTML | R脚本 | MicrobiomeProfiler |
参考手册 |
biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
版本 | 1.4.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.14 (r - 4.1)(1年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 4.1.0) |
进口 | clusterProfiler(> = 4.0.2),配置,DT,enrichplot,傀儡,magrittr,闪亮的(> = 1.6.0),shinyWidgets,shinycustomloader,htmltools,ggplot2、图形、跑龙套 |
链接 | |
建议 | rmarkdown,knitr,testthat(> = 3.0.0) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler/ |
BugReports | https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | MicrobiomeProfiler_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | MicrobiomeProfiler_1.4.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | MicrobiomeProfiler_1.4.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | MicrobiomeProfiler_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MicrobiomeProfiler |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MicrobiomeProfiler |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/MicrobiomeProfiler/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MicrobiomeProfiler/ |
包下载报告 | 下载数据 |