MicrobiomeProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.MicrobiomeProfiler

R /闪亮的包进行微生物功能富集分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

这是一个R /闪亮的包进行功能富集分析微生物组的数据。这个包是基于clusterProfiler。此外,MicrobiomeProfiler支持KEGG富集分析,齿轮富集分析,Microbe-Disease协会富集分析,Metabo-Pathway分析。

作者:陈Meijun (aut (cre)黑色,Guangchuang Yu (aut)

维护人员:陈Meijun < mjchen1996 outlook.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MicrobiomeProfiler”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MicrobiomeProfiler”)

HTML	R脚本	MicrobiomeProfiler
PDF		参考手册

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	clusterProfiler(> = 4.0.2),配置,DT,enrichplot,傀儡,magrittr,闪亮的(> = 1.6.0),shinyWidgets,shinycustomloader,htmltools,ggplot2、图形、跑龙套
链接
建议	rmarkdown,knitr,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MicrobiomeProfiler_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	MicrobiomeProfiler_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MicrobiomeProfiler_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MicrobiomeProfiler_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MicrobiomeProfiler
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MicrobiomeProfiler
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MicrobiomeProfiler/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MicrobiomeProfiler/
包下载报告	下载数据