MethylMix

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethylMix

MethylMix:鉴定甲基化驱动的癌症基因

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MethylMix是一种用于识别疾病的高甲基化和低甲基化基因的算法。MethylMix基于beta混合模型来识别甲基化状态，并将其与正常的DNA甲基化状态进行比较。MethylMix使用了一个新的统计量，差甲基化值或dm值，定义为甲基化状态与正常甲基化状态的差异。最后，匹配的基因表达数据通过关注影响基因表达的甲基化变化来识别除了差异之外的功能甲基化状态。参考文献:Gevaert 0。MethylMix:用于识别DNA甲基化驱动基因的R包。生物信息学(牛津，英国)。2015; 31(11): 1839 - 41。doi: 10.1093 /生物信息学/ btv020。Gevaert O, Tibshirani R, pev炎SK. DNA甲基化驱动基因的甲基化分析。 Genome Biology. 2015;16(1):17. doi:10.1186/s13059-014-0579-8.

作者:Olivier Gevaert

维护者:Olivier Gevaert < Olivier。Gevaert在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MethylMix")

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文档

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browseVignettes(“MethylMix”)

超文本标记语言	R脚本	MethylMix
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细节

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版本	2.28.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.2.0)
进口	foreach，RPMM，RColorBrewer，ggplot2，RCurl，嫁祸于，data.table，limma，R.matlab，消化
链接
建议	BiocStyle，doParallel，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MethylMix_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	MethylMix_2.28.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	MethylMix_2.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MethylMix_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethylMix
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MethylMix
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MethylMix/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethylMix/
软件包下载报告	下载数据