MethylAid

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethylAid

大型Illumina DNA甲基化阵列数据集的可视化和交互式质量控制

生物导体版本:发布(3.12)

一个视觉和交互式的web应用程序使用RStudio的闪亮包。不良质量的样本检测使用样本依赖和样本独立的控制存在于阵列和用户可调阈值。利用阵列上存在的质量控制探针的几个交互诊断图，可以对质量差的样品进行深入探索。此外，用户提供的任何批处理效应的影响都可以探索。

作者:Maarten van Iterson, Elmar Tobi, Roderick Slieker, Wouter den Hollander, Rene Luijk和Bas Heijmans

维护人员:L.J.Sinke <剩下在lumc.nl Sinke >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MethylAid”)

PDF	R脚本	MethylAid: Illumina人类DNA甲基化阵列数据的可视化和交互式质量控制
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细节

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版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4)
进口	Biobase,BiocParallel,BiocGenerics,ggplot2、网格gridBasegrDevices图形,hexbin,matrixStats,minfi(> = 1.22.0)、方法RColorBrewer,闪亮的统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,MethylAidData,minfiData,minfiDataEPIC,RUnit
SystemRequirements
增强了
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取决于我	MethylAidData
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MethylAid_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	MethylAid_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MethylAid_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethylAid
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MethylAid
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethylAid/
包下载报告	下载数据