Bioconductor版本:发行版(3.16)
MetaPhOR的开发是为了使用户能够使用转录组水平的数据(rna测序和微阵列数据)评估代谢失调,并产生出版质量的数据。一个差异表达基因(DEGs)列表,包括来自DESeq2或limma的折叠变化和p值,可以用作输入,以样本大小作为隐喻,并将生成每个KEGG途径的得分数据帧。这些分数代表通路内转录变化的大小和方向,以及估计的p值。比喻then uses these scores to visualize metabolic profiles within and between samples through a variety of mechanisms, including: bubble plots, heatmaps, and pathway models.
作者:Emily Isenhart [aut, cre], Spencer Rosario [aut]
维护者:Emily Isenhart < Emily。Isenhart在roswellpark.org>
引文(从R内,输入引用(“隐喻”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“隐喻”)
超文本标记语言 | R脚本 | 比喻 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
版本 | 1.0.0 |
在Bioconductor | BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 4.2.0) |
进口 | 跑龙套,ggplot2,ggrepel,stringr,pheatmap, grDevices, stats,clusterProfiler,RecordLinkage,RCy3 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,kableExtra |
SystemRequirements | Cytoscape(>= 3.9.0)用于cytoPath()示例 |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | MetaPhOR_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | MetaPhOR_1.0.0.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | MetaPhOR_1.0.0.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | MetaPhOR_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaPhOR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetaPhOR |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/MetaPhOR/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MetaPhOR/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |