MetCirc

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetCirc

在高分辨率MS/MS代谢组学数据中导航质谱相似性

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MetCirc包括一个交互探索高分辨率MS/MS代谢组学数据的工作流程。MetCirc使用在存储MS/MS谱的Spectra包中定义的Spectra对象基础结构。MetCirc提供了基于归一化点积、中性损失或用户定义函数计算前驱体之间相似性的功能,并在圆形布局中可视化相似性。在交互式框架内,用户可以根据与(已知的)相关MS/MS特征的相似性注释MS/MS特征。

作者:Thomas Naake , Johannes Rainer < Johannes。rainer在eurac.edu>和Emmanuel Gaquerel < Emmanuel。Gaquerel在ibm -cnrs.unistra.fr>

维护者:Thomas Naake

引文(从R内,输入引用(“MetCirc”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MetCirc”)

超文本标记语言 R脚本 代谢组学工作流程
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版本 1.28.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(6年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.5),北极监测和评估方案(> = 0.8),circlize(> = 0.3.9),尺度(> = 0.3.0),闪亮的(> = 1.0.0),光谱(> = 3)
进口 ggplot2(> = 3.2.1),MsCoreUtils(> = 1.9.2),S4Vectors(> = 0.22.0)
链接
建议 BiocGenerics,图形(>= 3.5),grDevices (>= 3.5),knitr(> = 1.11),testthat(> = 2.2.1)
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

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源包 MetCirc_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 MetCirc_1.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) MetCirc_1.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) MetCirc_1.28.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetCirc
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetCirc
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MetCirc/
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