MEB

DOI:10.18129 / B9.bioc.MEB

normalization-invariant最小包围球方法检测RNA-seq和scRNA-seq数据的差异表达基因

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包提供了一个方法来识别差异表达基因在相同或不同的物种。鉴于non-DE基因有一些相似的特性,scaling-free最小包围球(SFMEB)模型是建立覆盖这些non-DE基因在特征空间中,这些基因,这是非常不同于non-DE基因,被认为是异常值和拒绝外的球。本文中描述的方法在这个包的最小包围球法来检测基因的差异表达RNA-seq数据”。SFMEB方法扩展到scMEB方法到两个或两个以上可能的类型的细胞或未知标签scRNA-seq数据集度识别。

作者:周燕,Jiadi朱

维护人员:Jiadi朱镕基在email.szu.edu.cn < 2160090406 >,燕周< zhouy1016 szu.edu.cn >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(MEB)

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文档

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细节

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版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	e1071,刨边机,嘘、统计、wrswoRSummarizedExperiment,SingleCellExperiment
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MEB_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	MEB_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MEB_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MEB_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEB
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MEB
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MEB/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MEB/
包下载报告	下载数据