MAGAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGAR

MAGAR: R-package计算甲基化(methQTL)从数量性状DNA甲基化和基因分型数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

“Methylation-Aware R基因型协会”(MAGAR)计算methQTL从DNA甲基化和基因分型数据匹配样本。MAGAR使用线性建模策略叫论文认定/ methQTLs snp。MAGAR占论文认定的本地相关结构。

作者:迈克尔·谢勒(cre, aut)

维护人员:迈克尔·谢勒< mscherer在mpi-inf.mpg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MAGAR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MAGAR”)

HTML	R脚本	MAGAR: Methylation-Aware基因型协会R
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),HDF5Array,RnBeads,snpStats,crlmm
进口	doParallel,igraph,bigstatsr,rjson,plyr,data.table,UpSetR,reshape2,jsonlite、方法、ff,argparse,嫁祸于,RnBeads.hg19跑龙套,统计数据
链接
建议	gridExtra,维恩图,qqman,萝拉,RUnit,rmutil,rmarkdown,JASPAR2018,TFBSTools,seqLogo,knitr,devtools,BiocGenerics,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MPIIComputationalEpigenetics/MAGAR
BugReports	https://github.com/MPIIComputationalEpigenetics/MAGAR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MAGAR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	MAGAR_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	MAGAR_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	MAGAR_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGAR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MAGAR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MAGAR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MAGAR/
包下载报告	下载数据