MACPET

DOI:10.18129 / B9.bioc.MACPET

基于模型的分析paired-end数据

Bioconductor版本:版本(3.15)

MACPET包可用于完成ChIA-PET数据交互分析。MACPET读取ChIA-PET BAM数据或山姆格式和数据分离到Self-ligated,内部,Inter-chromosomal宠物。此外,MACPET把基因组分为地区和适用于二维混合模型识别候选的峰值/绑定网站使用倾斜广义students-t分布(SGT)。它然后使用一个本地泊松模型寻找重要的结合位点。最后它运行一个添加剂互动分析模型要求重要的那些山峰之间的相互作用。MACPET主要是用c++编写的,它也支持BiocParallel包。

作者:Ioannis Vardaxis

维护人员:Ioannis Vardaxis < iova89 hotmail.com >

安装

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细节

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版本	1.15.1
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.1),InteractionSet(> = 1.13.0),bigmemory(> = 4.5.33),黑洞(> = 1.66.0.1),Rcpp(> = 1.0.1)
进口	时间间隔(> = 0.15.1),plyr(> = 1.8.4),Rsamtools(> = 2.1.3),数据(> = 3.6.1),跑龙套(> = 3.6.1)、方法(> = 3.6.1),GenomicRanges(> = 1.37.14),S4Vectors(> = 0.23.17),IRanges(> = 2.19.10),GenomeInfoDb(> = 1.21.1),gtools(> = 3.8.1),GenomicAlignments(> = 1.21.4),knitr(> = 1.23),rtracklayer(> = 1.45.1),BiocParallel(> = 1.19.0),Rbowtie(> = 1.25.0),GEOquery(> = 2.53.0),Biostrings(> = 2.53.2),ShortRead(> = 1.43.0),futile.logger(> = 3)
链接	Rcpp,bigmemory,黑洞
建议	ggplot2(> = 3.2.0),igraph(> = 1.2.4.1),rmarkdown(> = 1.14),reshape2(> = 3),BiocStyle(> = 2.13.2)
SystemRequirements	c++ 11
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包档案

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源包	MACPET_1.15.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MACPET
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MACPET
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MACPET/
包下载报告	下载数据