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LymphoSeq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.LymphoSeq
分析T细胞和B细胞受体的高通量测序
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该R包分析了T细胞和B细胞受体互补决定区3 (CDR3)序列的高通量测序，该序列由Adaptive Biotechnologies公司的免疫seq法生成。它的输入来自于从免疫seq分析器导出的标签分隔值(.tsv)文件。
作者:David Coffey
维护者:David Coffey
引用(从R中，输入引用(“LymphoSeq”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("LymphoSeq")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“LymphoSeq”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | T和B细胞受体的高通量测序分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
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| 版本 | 1.26.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.3)，LymphoSeqDB |
| 进口 | data.table，plyr，dplyr，重塑，维恩图，ggplot2，ineq，RColorBrewer，circlize，网格，效用，统计，ggtree，msa，Biostrings，phangorn，stringdist，UpSetR |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，pheatmap，wordcloud，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | LymphoSeq_1.26.0.tar.gz |
| Windows二进制 | LymphoSeq_1.26.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | LymphoSeq_1.26.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/LymphoSeq |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/LymphoSeq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/LymphoSeq/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
