同工型间分析仪

doi：10.18129/b9.bioc.isoformswitchanalyzer

识别，注释和可视化替代剪接和同工型开关，并带有短读和长读RNA-seq数据的功能后果。

生物导体版本：版本（3.13）

通过诸如Kallisto，Salmon，Stringtie，Cufflinks/Cuffdiff等的工具对所有类型的RNASEQ进行预测的功能后果（例如增益/蛋白质域等）的替代剪接和同工型开关的分析。

作者：Kristoffer Vitting-seerup [Cre，Aut]

维护者：kristoffer vitting-seerup

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ isoformswitchanalyzer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Isoformswitchanalyzer”）

html	R脚本	同工型间分析仪
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.14.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（3.5岁）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.6），林玛，，，，dexseq，，，，GGPLOT2
进口	方法，BSGENOME，，，，plyr，，，，RESHAPE2，，，，栅格，，，，生物弦（> = 2.50.0），iranges，，，，基因组机，，，，Drimseq，，，，rcolorbrewer，，，，rtracklayer，，，，Venndiagram，，，，DBI，grdevices，图形，统计，utils，GenomeInfodB， 网格，tximport（> = 1.7.1），tximeta（> = 1.7.12），EDGER，，，，徒劳，，，，Stringr，，，，dplyr，，，，马格里特，，，，readr，，，，蒂布尔，，，，xvector，，，，生物基因，，，，rcurl，，，，生物酶
链接
建议	尼特，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/isoformswitchanalyzer/
BugReports	https://github.com/kvittingseerup/isoformswitchanalyzer/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Isoformswitchanalyzer_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	Isoformswitchanalyzer_1.14.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Isoformswitchanalyzer_1.14.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/isoformswitchanalyzer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/isoformswitchanalyzer
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/isoformswitchanalyzer/
软件包下载报告	下载统计