InteractiveComplexHeatmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.InteractiveComplexHeatmap

使交互复杂的热图

Bioconductor版本:版本(3.15)

这个包很容易使热图由ComplexHeatmap包到交互式应用程序中。它提供了两种类型的时空:1。在交互式图形设备,2。闪亮的应用。它还提供了功能整合互动的热图部件对于更复杂的闪亮的应用发展。

作者:Zuguang Gu (aut (cre)

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InteractiveComplexHeatmap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“InteractiveComplexHeatmap”)

HTML	R脚本	1。如何可视化的热图交互
HTML	R脚本	2。交互式复杂的热图是如何实现的
HTML	R脚本	3所示。函数的应用发展
HTML	R脚本	4所示。装饰上的热图
HTML	R脚本	5。Interactivate热图所产生的间接pheatmap (), heatmap.2()和热图()
HTML	R脚本	6。闪亮的应用可视化DESeq2结果
HTML	R脚本	7所示。从头开始实现交互式的热图
HTML	R脚本	8。分享互动的热图的合作者
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0),ComplexHeatmap(> = 2.11.0)
进口	grDevices,统计数据,闪亮的、网格GetoptLong,S4Vectors(> = 0.26.1),消化,IRanges,kableExtra(> = 1.3.1),跑龙套,svglite,htmltools,clisymbols,jsonlite,RColorBrewer,fontawesome
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,EnrichedHeatmap,GenomicRanges,data.table,circlize,GenomicFeatures,tidyverse,tidyHeatmap,集群,org.Hs.eg.db,simplifyEnrichment,GO.db,SC3,GOexpress,SingleCellExperiment,嘘,gplots,pheatmap,气道,DESeq2,DT,可乐,BiocManager,gridtext,HilbertCurve(> = 1.21.1),shinydashboard,SummarizedExperiment,pkgndep,ks
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/InteractiveComplexHeatmap
BugReports	https://github.com/jokergoo/InteractiveComplexHeatmap/issues
取决于我
进口我
建议我	simplifyEnrichment
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	InteractiveComplexHeatmap_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	InteractiveComplexHeatmap_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	InteractiveComplexHeatmap_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InteractiveComplexHeatmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InteractiveComplexHeatmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InteractiveComplexHeatmap/
包下载报告	下载数据