InterMineR

DOI:10.18129 / B9.bioc.InterMineR

R与InterMine-Powered数据库接口

Bioconductor版本:版本(3.16)

数据库基于InterMine平台如FlyMine modMine (modENCODE) RatMine, YeastMine, HumanMine和TargetMine集成数据库的基因,表达和蛋白质为各种生物数据。集成数据可以运行复杂的数据挖掘查询跨域的生物知识。这个R包提供了与这些数据库通过web服务接口。它使大多数的通信数据帧对象在R和表对象数据库,而隐藏的细节通过XML或JSON数据交换。

作者:宾王,瑞秋•莱恩,朱莉·沙利文Konstantinos Kyritsis,西莉亚桑切斯

维护人员:InterMine团队< r。•莱恩在gen.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InterMineR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“InterMineR”)

HTML	R脚本	InterMineR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.4.1)
进口	Biostrings,RCurl,XML,xml2,RJSONIO,sqldf,igraph,httr,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment、方法
链接
建议	BiocStyle,Gviz,knitr,rmarkdown,GO.db,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/intermine/intermineR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	InterMineR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	InterMineR_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	InterMineR_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	InterMineR_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterMineR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InterMineR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/InterMineR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InterMineR/
包下载报告	下载数据