拖累2.

DOI：10.18129 / b9.bioc.impulsede2.

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此套餐适用于Biocumonds 3.12版。该包装已从Biocumon中删除。对于最后一个稳定的最新版本版本，请参阅拖累2.。

纵向计数数据集的差异表达分析

Biocometiond版本：释放（3.12）

脉冲叶梗阻是纵向计数数据集的差异表达算法，其在测序实验中出现，例如RNA-SEQ，芯片SEQ，ATAC-SEQ和DNASEI-SEQ。氯肾等基于具有DESEQ2的分散趋势平滑的负二进制噪声模型，并使用脉冲模型来限制每个基因的平均表达轨迹。脉冲模型被凭经验发现在环境和发育刺激后细胞的全球表达变化，因此适用于大多数细胞生物情景。平均表达轨迹的约束阻止了对小表达波动的过度拟合。其次，ImpulseDe2具有比广义线性模型的差异表达算法更高的统计测试能力，如果由于固定数量的参数而采样超过六个时间点，则将时间适合作为分类变量。

作者：David S Fischer [Aut，Cre]，Fabian J Theis [CTB]，Nir Yosef [CTB]

维护者：David S Fischer

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager :: install（“ImpulesEede2”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

PDF.		参考手册

细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.14.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.5（R-3.4）（4年）
执照	艺术-2.0
依靠
进口	BioBase.那生物相投那ComplexHeatMap.那盘旋，编译器，电台那deseq2.那ggplot2.，grdevices，kn那矩阵， 方法，S4Vectors.，统计，概括分析，实用程序
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URL.
Bugreports.	https://github.com/yoseflab/impulsede2/issues.
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包档案包

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源包
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/impulsede2.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/血液促成2
包短网址	https://biocumon.org/packages/impulseede2/
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