IRISFGM

DOI:10.18129 / B9.bioc.IRISFGM

基于单细胞RNA-Seq的基因相互作用网络综合分析

生物导体版本:发布(3.13)

单细胞RNA-Seq数据对于发现癌症和其他复杂疾病中特定细胞群的细胞异质性和特征基因非常有用。具体而言，功能基因模块(FGM)的研究有助于理解基因交互网络和复杂的生物过程。QUBIC2被认为是从scRNA-Seq数据中进行女性生殖器切割鉴定的最有效的工具之一。但是，它的可用性仅限于C实现，而且它的应用能力只受到少数下游分析功能的影响。我们开发了一个名为IRIS-FGM(功能基因模块分析整合scRNA-Seq解释系统)的R包，以支持使用scRNA-Seq数据对fgm和细胞聚类的研究。借助QUBIC2, IRIS-FGM可以识别共表达和共调控的fgm，预测类型/聚类，识别差异表达基因，并进行功能富集分析。值得注意的是，IRIS-FGM也适用于Seurat对象，可以很容易地用于Seurat小插图。

作者:Yuzhou Chang [aut, cre]， Qin Ma [aut]， Carter Allen [aut]， Dongjun Chung [aut]

维护人员:Yuzhou Chang < Yuzhou。常在osumc.edu >

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版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1)
进口	Rcpp(> = 1.0.0),制程，anocva，彩色，RColorBrewer，色彩，AnnotationDbi，ggplot2，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，pheatmap，AdaptGauss，DEsingle，DrImpute，矩阵，修拉，SingleCellExperiment，clusterProfiler，ggpubr，ggraph，igraph，mixtools，嘘，食物、stats、methods、grDevices、graphics、utils、knitr
链接	Rcpp
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源包	IRISFGM_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	IRISFGM_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	IRISFGM_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IRISFGM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ IRISFGM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IRISFGM/
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