ILoReg

DOI:10.18129 / B9.bioc.ILoReg

ILoReg:高分辨率细胞群从scRNA-Seq数据识别的工具

Bioconductor版本:版本(3.16)

ILoReg工具从scRNA-seq数据识别的细胞群。特别是ILoReg寻找有用细胞群与微妙的转录组的差异。该方法利用self-supervised学习方法,称为Iteratitive集群投影(ICP),找到集群概率,用于降噪前PCA和随后的层次聚类和t-SNE步骤。此外,函数微分表达式分析找到种群的基因标记和基因表达可视化。

作者:约翰Smolander (cre, aut], Sini Junttila (aut) Mikko年代Venalainen (aut), Laura L值得信赖(aut)

维护人员:约翰Smolander <约翰内斯。在gmail.com smolander >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ILoReg”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ILoReg”)

HTML	R脚本	ILoReg包手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	矩阵平行,foreach,aricode,LiblineaR,SparseM,ggplot2,cowplot,RSpectra,umap,Rtsne,fastcluster,parallelDist,集群,dendextend,DescTools,plyr,尺度,pheatmap,reshape2,dplyr,doRNG,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors、方法、统计数据doSNOW,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/elolab/ILoReg
BugReports	https://github.com/elolab/ILoReg/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ILoReg_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ILoReg_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ILoReg_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ILoReg_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ILoReg
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ILoReg
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ILoReg/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ILoReg/
包下载报告	下载数据