HiContacts

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiContacts

分析酷文件与HiContacts R

Bioconductor版本:版本(3.17)

HiContacts提供了一组工具分析和可视化HiCExperiment高c R中的数据导入。

作者:雅克Serizay (aut (cre)

维护人员:雅克Serizay < jacquesserizay gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HiContacts”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HiContacts”)

HTML	R脚本	介绍HiContacts
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2),HiCExperiment
进口	InteractionSet,SummarizedExperiment,GenomicRanges,IRanges,GenomeInfoDb,S4Vectors、方法、BiocGenerics,BiocIO,BiocParallelRSpectra矩阵,宠物猫、tidyr dplyr, readr, stringr, ggplot2, ggrastr,尺度,统计,跑龙套
链接
建议	HiContactsData,rtracklayer,GenomicFeatures,Biostrings,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,Rfast WGCNA terra,东拼西凑,testthat (> = 3.0.0),BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/js2264/HiContacts
BugReports	https://github.com/js2264/HiContacts/issues
取决于我
进口我
建议我	HiCExperiment,HiCool
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiContacts_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	HiContacts_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HiContacts_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HiContacts_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiContacts
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiContacts
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiContacts/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiContacts/
包下载报告	下载数据