HiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCcompare

HiCcompare:多个Hi-C数据集的联合归一化和比较分析

Bioconductor版本:发布(3.13)

HiCcompare提供了多个Hi-C数据集的联合归一化和差异检测功能。HiCcompare以染色体特异性染色质相互作用矩阵的形式对处理过的Hi-C数据进行操作。它接受以稀疏矩阵格式存储染色质相互作用矩阵的三列制表符分隔的文本文件，这些文件可从多个来源获得。HiCcompare旨在为用户提供对不同生物状态下细胞基因组的三维结构进行比较分析的能力。“HiCcompare”不同于其他试图比较Hi-C数据的软件包，因为它处理染色质相互作用矩阵格式的处理数据，而不是预处理的测序数据。此外，“HiCcompare”提供了一种非参数方法，用于联合归一化和消除两个Hi-C数据集之间的偏差，以进行比较分析。“HiCcompare”还提供了一种简单而强大的方法来检测Hi-C数据集之间的差异。

作者:John Stansfield ， Kellen Cresswell ， Mikhail Dozmorov < Mikhail .edu>。Dozmorov, vcuhealth.org>

维护者:约翰·斯坦菲尔德<斯坦菲尔德djc at vcu.edu>，米哈伊尔·多兹莫洛夫<米哈伊尔。Dozmorov, vcuhealth.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HiCcompare")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“HiCcompare”)

超文本标记语言	R脚本	HiCcompare用法简介
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文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.14.0
在Bioconductor中	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4.0)，dplyr
进口	data.table，ggplot2，gridExtra，mgcv统计数据,InteractionSet，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，BiocParallel，QDNAseq，KernSmooth、方法、实用程序、图形、pheatmap，gtools，rhdf5
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，multiHiCcompare
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare/issues
这取决于我
进口我	multiHiCcompare，SpectralTAD，TADCompare
建议我
链接到我
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包档案

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源包	HiCcompare_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	HiCcompare_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	HiCcompare_1.14.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/HiCcompare
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/HiCcompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCcompare/
软件包下载报告	下载数据