HIREewas

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIREewas

全表观基因组关联研究中细胞类型特异性风险- cpg位点的检测

Bioconductor版本:发行版(3.16)

在表观基因组全关联研究中,每个样本的测量信号是来自不同细胞类型的甲基化谱的混合物。目前的关联检测方法仅声称一个胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(cytosin -phosphate-guanine, CpG)位点与表型是否相关,但无法确定该风险-CpG位点受表型影响的细胞类型。我们提出了一种可靠的统计方法,高分辨率(HIRE),与现有方法相比,它不仅在聚合水平上大大提高了关联检测的能力,而且还能够检测单个细胞类型的风险- cpg位点。“HIREewas”R包是在R中实现HIRE模型。

作者:罗翔宇,杨灿

维护人员:Xiangyu Luo

引文(从R内,输入引用(“HIREewas”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HIREewas")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“HIREewas”)

PDF R脚本 HIREewas
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文本 新闻

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.16.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 quadproggplots, grDevices, stats
链接
建议 BiocStyleknitrBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 HIREewas_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 HIREewas_1.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) HIREewas_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) HIREewas_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIREewas
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HIREewas
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/HIREewas/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/HIREewas/
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