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HIBAG
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DOI:10.18129 / B9.bioc.HIBAG
HLA基因型归罪与属性装袋
Bioconductor版本:版本(3.16)
背景使用GWAS经典HLA等位基因SNP数据,它依赖于HLA和SNP基因型的训练集。HIBAG发表的研究人员可以使用参数估计,而不是需要访问大量训练样本数据集。它集装袋的概念属性,一个分类器的方法,与单体型推断单核苷酸多态性和HLA类型。属性装袋是一种技术,可以提高分类器的精度和稳定性乐团使用引导聚合和随机变量的选择。
作者:Xiuwen郑(cre, aut cph]
,布鲁斯堰(施,黑色)
维护人员:Xiuwen郑< zhengx u.washington.edu >
从内部引用(R,回车引用(“HIBAG”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HIBAG”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“HIBAG”)
| HTML | R脚本 | HIBAG算法实现 |
| HTML | R脚本 | HIBAG装饰图案的html |
| HTML | R脚本 | HLA协会装饰图案的html |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.34.1 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(8年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.2.0) |
| 进口 | 方法,RcppParallel |
| 链接 | RcppParallel(> = 5.0.0) |
| 建议 | 平行,ggplot2,reshape2,gdsfmt,SNPRelate,SeqArray,knitr,减价,rmarkdown |
| SystemRequirements | GNU c++ 11日 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/zhengxwen/HIBAGhttps://hibag.s3.amazonaws.com/index.html |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | HIBAG_1.34.1.tar.gz |
| Windows二进制 | HIBAG_1.34.1.zip |
| macOS二进制(x86_64) | HIBAG_1.34.1.tgz |
| macOS二进制(arm64) | HIBAG_1.34.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIBAG |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HIBAG |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/HIBAG/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/HIBAG/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
| 老BioC 3.16源码包 | 源存档 |
